Gromacs  2020.4
 All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Macros Groups Pages
Class Index
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | X
  A  
DefaultInitializationAllocator (gmx)   IFileOutputRedirector (gmx)   HardwareTopology::NumaNode (gmx)   Simd4Double (gmx)   
DensityFittingForce (gmx)   IForceProvider (gmx)   NumericalSplineTableInput (gmx)   Simd4FBool (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   DensityFittingModuleInfo (gmx)   IHelpTopic (gmx)   NumPmeDomains   Simd4Float (gmx)   
AbstractAnalysisData (gmx)   DensitySimilarityMeasure (gmx)   IKeyValueTreeTransformRules (gmx)   
  O  
SimdDBool (gmx)   
AbstractAverageHistogram (gmx)   DevelopmentFeatureFlags (gmx)   ILastStepSignallerClient (gmx)   SimdDIBool (gmx)   
AbstractCompositeHelpTopic (gmx)   HardwareTopology::Device (gmx)   ILoggingSignallerClient (gmx)   ObservablesHistory   SimdDInt32 (gmx)   
AbstractOption (gmx)   df_history_t   ILogTarget (gmx)   OpenClTraits (gmx)   SimdDInt32Tag (gmx)   
AbstractOptionSection (gmx)   DirectoryEnumerator (gmx)   IMDModule (gmx)   OpenClTraits< cl_command_queue > (gmx)   SimdDouble (gmx)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   DomainDecompositionBuilder (gmx)   IMDOutputProvider (gmx)   OpenClTraits< cl_context > (gmx)   SimdDoubleTag (gmx)   
AbstractOptionStorage (gmx)   DomainLifetimeWorkload (gmx)   IMdpOptionProvider (gmx)   OpenClTraits< cl_kernel > (gmx)   SimdFBool (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   DomDecHelper (gmx)   InconsistentInputError (gmx)   OpenClTraits< cl_program > (gmx)   SimdFIBool (gmx)   
AbstractSimpleHelpTopic (gmx)   DomdecOptions (gmx)   INeighborSearchSignallerClient (gmx)   OpenClTraitsBase (gmx)   SimdFInt32 (gmx)   
accessor_basic (gmx)   DoubleOption (gmx)   InstallationPrefixInfo (gmx)   OptionInfo (gmx)   SimdFInt32Tag (gmx)   
KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   Int64Option (gmx)   OptionManagerContainer (gmx)   SimdFloat (gmx)   
AlignedAllocationPolicy (gmx)   
  E  
Int64OptionInfo (gmx)   Options (gmx)   SimdFloatTag (gmx)   
AlignedArray< double, N > (gmx)   IntegerOption (gmx)   OptionsAssigner (gmx)   SimdSetZeroProxy (gmx)   
AlignedArray< float, N > (gmx)   ekinstate_t   IntegerOptionInfo (gmx)   OptionsBehaviorCollection (gmx)   SimdTraits (gmx::internal)   
Allocator (gmx)   EnergyCalculationFrequencyErrors (gmx)   InteractionListHandle   OptionSection (gmx)   SimpleHelpTopic (gmx)   
AllocatorTest (gmx::test)   EnergyElement (gmx)   InteractionOfType   OptionSectionHandle (gmx)   SimulationContext (gmx)   
AnalysisArrayData (gmx)   EnergySignaller (gmx)   InteractionsOfType   OptionsIterator (gmx)   SimulationGroups   
AnalysisData (gmx)   gmx_ga2la_t::Entry   InteractiveTestHelper (gmx::test)   OptionsModifyingIterator (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   EnumerationArray (gmx)   InternalError (gmx)   OptionsModifyingTypeVisitor (gmx)   SimulationSignal (gmx)   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   EnumerationIterator (gmx)   InvalidInputError (gmx)   OptionsModifyingVisitor (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   EnumerationWrapper (gmx)   IOptionManager (gmx)   OptionStorageTemplate (gmx)   SimulationWorkload (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   EnumOption (gmx)   IOptionsBehavior (gmx)   OptionStorageTemplateSimple (gmx)   SimulatorBuilder (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   IOptionsContainer (gmx)   OptionsTypeVisitor (gmx)   Site (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   EwaldBoxZScaler   IOptionsContainerWithSections (gmx)   OptionsVisitor (gmx)   HardwareTopology::Socket (gmx)   
AnalysisDataHandle (gmx)   ExactTextMatch (gmx::test)   IOutputAdapter (gmx)   OptionTemplate (gmx)   StandardInputStream (gmx)   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   IProgramContext (gmx)   OptionValueConverterSimple (gmx)   StatePropagatorData (gmx)   
AnalysisDataModuleManager (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   IRestraintPotential (gmx)   OutputAdapterContainer (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   ExclusionBlock (gmx)   ISerializer (gmx)   OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   ISignaller (gmx)   OutputRequirements (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataParallelOptions (gmx)   ExponentialMovingAverage (gmx)   ISimulatorElement (gmx)   OutputSelector (gmx)   StdioTestHelper (gmx::test)   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   ExponentialMovingAverageState (gmx)   isIntegralConstant (gmx)   OutputSelectorDeathTest (gmx::test)   StepWorkload (gmx)   
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   extents (gmx)   Range::iterator (gmx)   
  P  
StopConditionSignal (gmx)   
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   extents_analyse< 0 > (gmx::detail)   ITextBlockMatcher (gmx::test)   StopConditionTime (gmx)   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...> (gmx::detail)   ITextBlockMatcherSettings (gmx::test)   PaddedVector (gmx)   StopHandler (gmx)   
AnalysisDataStorage (gmx)   extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> (gmx::detail)   ITopologyHolderClient (gmx)   PaddingTraits (gmx::detail)   StopHandlerBuilder (gmx)   
AnalysisDataStorageFrame (gmx)   
  F  
ITopologyProvider (gmx)   PageAlignedAllocationPolicy (gmx)   StringCompare (gmx)   
AnalysisDataTestFixture (gmx::test)   ITrajectorySignallerClient (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataTestInput (gmx::test)   FileIOError (gmx)   ITrajectoryWriterClient (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   StringInputStream (gmx)   
AnalysisDataTestInputFrame (gmx::test)   FileNameOption (gmx)   
  K  
UniformIntDistribution::param_type (gmx)   StringOption (gmx)   
AnalysisDataTestInputPointSet (gmx::test)   FileNameOptionInfo (gmx)   TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisDataValue (gmx)   FileNameOptionManager (gmx)   KeyValueTreeBuilder (gmx)   NormalDistribution::param_type (gmx)   StringOutputStream (gmx)   
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   FilteringExactTextMatch (gmx::test)   KeyValueTreeObjectArrayBuilder (gmx)   GammaDistribution::param_type (gmx)   StringTestBase (gmx::test)   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   FixedCapacityVector (gmx)   KeyValueTreeObjectBuilder (gmx)   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   
  T  
AnalysisHistogramSettings (gmx)   FlagsTemplate (gmx)   KeyValueTreePath (gmx)   ParrinelloRahmanBarostat (gmx)   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   FlagTest (gmx::test)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder (gmx)   PartialDeserializedTprFile   t_filenm   
AnalysisNeighborhood (gmx)   FloatingPointDifference (gmx::test)   KeyValueTreeTransformRulesScoped (gmx)   PbcAiuc   t_mapping   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   FloatingPointTolerance (gmx::test)   KeyValueTreeUniformArrayBuilder (gmx)   PhysicalNodeCommunicator (gmx)   t_matrix   
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   FloatOption (gmx)   KeyValueTreeValueBuilder (gmx)   PmeForceSenderGpu (gmx)   t_mdatoms   
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   FloatOptionInfo (gmx)   
  L  
PmeLoadBalanceHelper (gmx)   t_pargs   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   ForceElement (gmx)   PmePpCommGpu (gmx)   t_pbc   
AnalyticalSplineTableInput (gmx)   ForceOutputs (gmx)   LastStepSignaller (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude (gmx)   t_state   
Any (gmx)   ForceProviderInput (gmx)   layout_right (gmx)   PotentialPointData (gmx)   t_xpmelmt   
AnyOutputSupportedFiles (gmx::test)   ForceProviderOutput (gmx)   LegacyMdrunOptions (gmx)   PpRanks   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
APIError (gmx)   ForceProviders (gmx)   LocalAtomSet (gmx)   PreprocessingAtomTypes   TestException (gmx::test)   
ArrayRef (gmx)   ForceWithShiftForces (gmx)   LocalAtomSetManager (gmx)   PreprocessingBondAtomType   TestFileInputRedirector (gmx::test)   
ArrayRefWithPadding (gmx)   ForceWithVirial (gmx)   LogEntryWriter (gmx)   PreprocessResidue   TestFileManager (gmx::test)   
AtomIterator   FreeEnergyPerturbationElement (gmx)   LoggerBuilder (gmx)   PrivateImplPointer (gmx)   TestFileOutputRedirector (gmx::test)   
AtomProperties   
  G  
LoggerOwner (gmx)   Propagator (gmx)   TestOptionsProvider (gmx::test)   
AtomProxy   LoggerTestHelper (gmx::test)   ProxyPtr   TestReferenceChecker (gmx::test)   
AtomRange   GammaDistribution (gmx)   LoggingSignaller (gmx)   
  Q  
TestReferenceData (gmx::test)   
Awh (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters (gmx)   HardwareTopology::LogicalProcessor (gmx)   TextFileMatch (gmx::test)   
  B  
GaussTransform3D (gmx)   CpuInfo::LogicalProcessor (gmx)   QuadraticSplineTable (gmx)   TextInputFile (gmx)   
GlobalCommandLineHelpContext (gmx)   LogLevelHelper (gmx)   
  R  
TextInputStream (gmx)   
basic_mdspan (gmx)   gmx_ana_index_t   
  M  
TextLineWrapper (gmx)   
BasicVector (gmx)   gmx_ana_indexmap_t   Range (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
BenchmarkSystem (gmx)   gmx_ana_pos_t   HardwareTopology::Machine (gmx)   RangeError (gmx)   TextOutputFile (gmx)   
BinaryInformationSettings (gmx)   gmx_ffparams_t   MappedUnionFinder (gmx)   RangePartitioning (gmx)   TextOutputStream (gmx)   
BondedInteraction   gmx_ga2la_t   layout_right::mapping (gmx)   registerMdModuleNotification< CurrentCallParameter, CallParameter...> (gmx)   TextReader (gmx)   
BondedInteractionList   gmx_gpu_info_t   MDAtoms (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   TextTableFormatter (gmx)   
BooleanOption (gmx)   gmx_localtop_t   MDLogger (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   TextWriter (gmx)   
BooleanOptionInfo (gmx)   gmx_molblock_t   MdModuleNotification (gmx)   ReplicaExchangeParameters   ThreeFry2x64 (gmx)   
  C  
gmx_moltype_t   MDModules (gmx)   ResetHandler (gmx)   ThreeFry2x64Fast (gmx)   
gmx_multisim_t   MdModulesCheckpointReadingBroadcast (gmx)   RestraintManager (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
HardwareTopology::Cache (gmx)   gmx_sparsematrix   MdModulesWriteCheckpointData (gmx)   RestraintMDModule (gmx)   TimeUnitBehavior (gmx)   
CheckpointHandler (gmx)   GpuEventSynchronizer   Mdrunner (gmx)   
  S  
TimeUnitManager (gmx)   
CheckpointHeaderContents   GpuHaloExchange (gmx)   MdrunnerBuilder (gmx)   ToleranceError (gmx)   
CheckpointHelper (gmx)   GpuRegionTimerImpl   MessageStringCollector (gmx)   Selection (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject (gmx)   
ClfftInitializer (gmx)   GpuRegionTimerWrapper   MessageStringContext (gmx)   SelectionCollection (gmx)   TopologyHolder (gmx)   
ClHandle (gmx)   GpuTaskAssignments (gmx)   ModularSimulator (gmx)   SelectionFileOption (gmx)   TopologyInformation (gmx)   
CommandLine (gmx::test)   GpuTaskAssignmentsBuilder (gmx)   ModuleSelection (gmx::test)   SelectionFileOptionInfo (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue (gmx)   
CommandLineHelpContext (gmx)   GpuTaskMapping (gmx)   ModuleTest (gmx::test)   SelectionOption (gmx)   TprAndFileManager (gmx::test)   
CommandLineHelpWriter (gmx)   GromacsException (gmx)   MoleculeBlockIndices   SelectionOptionBehavior (gmx)   TpxFileHeader   
CommandLineModuleGroup (gmx)   
  H  
MoleculeInformation   SelectionOptionInfo (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
CommandLineModuleManager (gmx)   MoleculePatch   SelectionOptionManager (gmx)   TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   HardwareTopology (gmx)   MoleculePatchDatabase   SelectionPosition (gmx)   TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
CommandLineParser (gmx)   HashedMap (gmx)   MrcDataStatistics (gmx)   SelectionTopologyProperties (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
CommandLineProgramContext (gmx)   HelpLinks (gmx)   MrcDensityMapHeader (gmx)   SetAtoms (gmx)   TrajectoryElement (gmx)   
CommandLineTestBase (gmx::test)   HelpManager (gmx)   MrcDensityMapOfFloatFromFileReader (gmx)   SetAtomsSupportedFiles (gmx::test)   TrajectoryElementBuilder (gmx)   
CommandLineTestHelper (gmx::test)   HelpWriterContext (gmx)   MrcDensityMapOfFloatReader (gmx)   SetAtomsUnSupportedFiles (gmx::test)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
CompositeHelpTopic (gmx)   history_t   MrcDensityMapOfFloatWriter (gmx)   SetBox (gmx)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
CompositeSimulatorElement (gmx)   HostAllocationPolicy (gmx)   MrcDensitySkewData (gmx)   SetForces (gmx)   TranslateAndScale (gmx)   
ComputeGlobalsElement (gmx)   HardwareTopology::HWThread (gmx)   MultiDimArray (gmx)   SetForceSupportedFiles (gmx::test)   
  U  
ConfMatch (gmx::test)   
  I  
  N  
SetForceUnSupportedFiles (gmx::test)   
Constraints (gmx)   SetPrecision (gmx)   UniformIntDistribution (gmx)   
ConstraintsElement (gmx)   IAnalysisDataModule (gmx)   NeighborSearchSignaller (gmx)   SetPrecisionSupportedFiles (gmx::test)   UniformRealDistribution (gmx)   
HardwareTopology::Core (gmx)   ICheckpointHelperClient (gmx)   no_delete (gmx)   SetPrecisionUnSupportedFiles (gmx::test)   UnionFinder (gmx)   
CpuInfo (gmx)   ICommandLineModule (gmx)   NoContentsMatch (gmx::test)   SetStartTime (gmx)   Update (gmx)   
CrystallographicLabels (gmx)   ICommandLineOptionsModule (gmx)   nonbonded_verlet_t   SetTimeStep (gmx)   UpdateGroupsCog (gmx)   
CubicSplineTable (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   SetVelocities (gmx)   UserInputError (gmx)   
  D  
IdentityFormatter (gmx)   NoOptionalOutput (gmx::test)   SetVelocitySupportedFiles (gmx::test)   
  V  
IEnergySignallerClient (gmx)   NormalDistribution (gmx)   SetVelocityUnSupportedFiles (gmx::test)   
DataFileFinder (gmx)   IExecutableEnvironment (gmx)   not_null (gmx::compat)   GaussianSpreadKernelParameters::Shape (gmx)   VRescaleThermostat (gmx)   
DataFileInfo (gmx)   IFileInputRedirector (gmx)   NoTextMatch (gmx::test)   ShellFCElement (gmx)   
  X  
DataFileOptions (gmx)   IFileMatcher (gmx::test)   NotImplementedError (gmx)   SignallerBuilder (gmx)   
DDBalanceRegionHandler   IFileMatcherSettings (gmx::test)   HardwareTopology::Numa (gmx)   Simd4DBool (gmx)   XvgMatch (gmx::test)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | X