Here is a list of all documented file members with links to the documentation:

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• dbg_ocl_kernel_name() : gpu_utils_ocl.cpp , oclutils.h
• dbg_ocl_kernel_name_address() : oclutils.h , gpu_utils_ocl.cpp
• dd_atom_spread_real() : domdec.h
• dd_atom_sum_real() : domdec.h
• dd_bcast() : domdec_network.h , domdec_network.cpp
• dd_bcastc() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_bonded_cg_distance() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• dd_bonded_molpbc() : domdec.h
• dd_charge_groups_global() : domdec.h
• dd_check_ftype() : domdec_topology.cpp
• dd_choose_grid() : domdec.h , domdec_setup.cpp
• dd_clear_f_vsites() : domdec.h , domdec_vsite.cpp
• dd_clear_local_constraint_indices() : domdec_constraints.cpp , domdec_constraints.h
• dd_clear_local_vsite_indices() : domdec_constraints.cpp , domdec_vsite.h
• dd_collect_state() : domdec.h
• dd_collect_vec() : domdec.h
• dd_constraints_nlocalatoms() : domdec.h , domdec_constraints.cpp
• dd_cycles_add() : domdec.h
• dd_dist2() : domdec_topology.cpp
• dd_dlb_is_locked() : domdec.h
• dd_dlb_is_on() : domdec.h
• dd_dlb_lock() : domdec.h
• dd_dlb_unlock() : domdec.h
• dd_force_flop_start() : domdec.h
• dd_force_flop_stop() : domdec.h
• dd_gather() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_gatherv() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_get_constraint_range() : domdec.h
• dd_get_ns_ranges() : domdec.h
• DD_GRID_MARGIN_PRES_SCALE : domdec_setup.cpp
• dd_init_bondeds() : domdec.h
• dd_init_local_state() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• dd_init_local_top() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• dd_make_local_cgs() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• dd_make_local_constraints() : domdec_constraints.cpp , domdec_constraints.h
• dd_make_local_ed_indices() : edsam.h
• dd_make_local_group_indices() : groupcoord.h
• dd_make_local_IMD_atoms() : imd.cpp , imd.h
• dd_make_local_pull_groups() : pull.h
• dd_make_local_rotation_groups() : pull_rotation.h
• dd_make_local_swap_groups() : swapcoords.cpp , swapcoords.h
• dd_make_local_top() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• dd_make_local_vsites() : domdec_vsite.cpp , domdec_vsite.h
• dd_make_reverse_top() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• DD_MAXIZONE : domdec_struct.h
• DD_MAXZONE : domdec_struct.h
• dd_move_f() : domdec.h
• dd_move_f_specat() : domdec_specatomcomm.cpp , domdec_specatomcomm.h
• dd_move_f_vsites() : domdec.h , domdec_vsite.cpp
• dd_move_x() : domdec.h
• dd_move_x_constraints() : domdec.h , domdec_constraints.cpp
• dd_move_x_specat() : domdec_specatomcomm.cpp , domdec_specatomcomm.h
• dd_move_x_vsites() : domdec.h , domdec_vsite.cpp
• dd_natoms_vsite() : domdec.h
• dd_partition_system() : domdec.h
• dd_pme_f_ratio() : domdec.h
• dd_pme_maxshift_x() : domdec.h
• dd_pme_maxshift_y() : domdec.h
• dd_print_missing_interactions() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• dd_scatter() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_scatterv() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_sendrecv2_rvec() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_sendrecv_int() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_sendrecv_real() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_sendrecv_rvec() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_setup_dlb_resource_sharing() : domdec.h
• dd_sort_local_top() : domdec.h , domdec_topology.cpp
• dd_store_state() : domdec.h
• ddglatnr() : domdec.h
• DDMASTER : domdec_struct.h
• DDMASTERRANK : domdec_network.cpp
• debug : fatalerror.h
• DEBUG_RUN_STEP : nbnxn_ocl.cpp
• deform_init_box_mutex : runner.cpp
• deform_init_box_tpx : runner.cpp
• deform_init_init_step_tpx : runner.cpp
• destroy_reverse_ilist() : domdec_topology.cpp
• detect_flux_per_channel() : swapcoords.cpp
• detect_flux_per_channel_init() : swapcoords.cpp
• detect_gpus() : gpu_utils_ocl.cpp , gpu_utils.h
• dhdl_derivatives_names : md_enums.h
• DHDLDERIVATIVESTYPE : md_enums.h
• diagonalize_orires_tensors() : orires.h
• dih_angle() : bonded.h
• DimStr : swapcoords.cpp
• DIR_SEPARATOR : dir_separator.h
• dist_ndim() : gmx_wham.cpp
• div_round_up() : pme.cpp
• div_up() : domdec_setup.cpp
• divide_bondeds_by_locality() : manage-threading.cpp
• divide_bondeds_over_threads() : manage-threading.cpp
• do_ac_core() : autocorr.cpp
• do_autocorr() : autocorr.cpp , autocorr.h
• do_bootstrapping() : gmx_wham.cpp
• do_box_rel() : boxutilities.cpp
• do_dih_fup() : bonded.h
• do_edsam() : edsam.h
• do_em_step() : minimize.cpp
• do_ewald() : ewald.h , ewald.cpp
• do_flood() : edsam.h
• do_force_listed() : listed-forces.cpp , listed-forces.h
• do_four_core() : autocorr.cpp
• do_IMD() : imd.h , imd.cpp
• do_lmfit() : expfit.h , expfit.cpp
• do_pairs() : pairs.cpp , pairs.h
• do_pairs_general() : pairs.cpp
• do_pairs_simple() : pairs.cpp
• DO_Q : pme-internal.h
• do_rotation() : pull_rotation.h
• do_swapcoords() : swapcoords.cpp , swapcoords.h
• do_view() : viewit.h
• DomainString : swapcoords.cpp
• domdec_zones() : domdec.h
• done_ed() : edsam.h
• done_filenms() : filenm.h
• dsaupd() : gmx_arpack.h
• dseupd() : gmx_arpack.h
• dump_pbc() : pbc.cpp
• dump_tmp() : autocorr.cpp
• dup_tfn() : filenm.h