Here is a list of all documented file members with links to the documentation:

- c -

• c_clSize : nbnxn_cuda_types.h
• c_cudaPruneKernelJ4Concurrency : nbnxn_cuda_types.h
• c_debugTimerState : gpuregiontimer.h
• c_maxSpacingScaling : pme-load-balancing.cpp
• c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime : nbnxn_tuning.cpp
• c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval : nbnxn_tuning.cpp
• c_nbnxnListSizeFactorCpu : nbnxn_tuning.cpp
• c_nbnxnListSizeFactorGPU : nbnxn_tuning.cpp
• c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi : nbnxn_tuning.cpp
• c_nbnxnListSizeFactorMargin : nbnxn_tuning.cpp
• c_numClPerSupercl : nbnxn_cuda_types.h , nbnxn_ocl.cpp
• c_oclPruneKernelJ4ConcurrencyAMD : nbnxn_ocl_types.h
• c_pullGroupPbcMargin : pull.h
• c_skipNeutralAtoms : pme-gpu-internal.h
• c_useDelayedWait : pme-pp.cpp
• c_usePadding : pme-gpu-internal.h
• c_virialAndEnergyCount : pme-gpu-internal.h
• calc_bonded_reduction_mask() : manage-threading.cpp
• calc_box_center() : pbc.cpp
• calc_cgcm_av_stddev() : domdec_box.cpp
• calc_compact_unitcell_vertices() : pbc.cpp
• calc_cumulatives() : gmx_wham.cpp
• calc_disres_R_6() : disre.h
• calc_ewaldcoeff_lj() : ewald-utils.h
• calc_ewaldcoeff_q() : ewald-utils.h
• calc_initial_lb_coeffs() : pme.cpp
• calc_listed() : listed-forces.cpp , listed-forces.h
• calc_listed_lambda() : listed-forces.cpp , listed-forces.h
• calc_lll() : ewald.cpp
• calc_next_lb_coeffs() : pme.cpp
• calc_orires_dev() : orires.h
• calc_profile() : gmx_wham.cpp
• calc_shifts() : pbc.cpp
• calc_shmem_required_nonbonded() : nbnxn_ocl.cpp
• calc_shmem_required_prune() : nbnxn_ocl.cpp
• calc_triclinic_images() : pbc.cpp
• calc_z() : gmx_wham.cpp
• calcBondedForces() : listed-forces.cpp
• calcIntegratedAutocorrelationTimes() : gmx_wham.cpp
• can_use_base() : poscalc.cpp
• canDetectGpus() : gpu_utils.h , gpu_utils_ocl.cpp
• canSkipWork() : nbnxn_gpu_common_utils.h
• cartesian : domdec.h
• CFRAC_NONE : selectionenums.h
• CFRAC_SOLIDANGLE : selectionenums.h
• change_dd_cutoff() : domdec.h
• ChannelString : swapcoords.cpp
• check_alloc_index() : domdec_topology.cpp
• check_and_update_hw_opt_1() : resourcedivision.cpp , resourcedivision.h
• check_and_update_hw_opt_2() : resourcedivision.cpp , resourcedivision.h
• check_assign_interactions_atom() : domdec_topology.cpp
• check_atomtype() : sm_simple.cpp
• check_box() : pbc.cpp
• check_callbacks() : selmethod.cpp
• check_charge() : sm_simple.cpp
• check_exclusions_alloc() : domdec_topology.cpp
• check_link() : domdec_topology.cpp
• check_method() : selmethod.cpp
• check_modifier() : selmethod.cpp
• check_molecules() : sm_simple.cpp
• check_params() : selmethod.cpp
• check_pdbinfo() : sm_simple.cpp
• check_resource_division_efficiency() : resourcedivision.cpp , resourcedivision.h
• CHECK_SEL : parser_internal.h
• check_swap_groups() : swapcoords.cpp
• checkAndUpdateRequestedNumOpenmpThreads() : resourcedivision.cpp , resourcedivision.h
• checkHardwareOversubscription() : resourcedivision.cpp , resourcedivision.h
• checkReactionCoordinateCovered() : gmx_wham.cpp
• cl_atomdata_t : nbnxn_ocl_types.h
• cl_nb_staging_t : nbnxn_ocl_types.h
• cl_nbparam_params_t : nbnxn_ocl_types.h
• cl_nbparam_t : nbnxn_ocl_types.h
• cl_plist_t : nbnxn_ocl_types.h
• cl_timers_t : nbnxn_ocl_types.h
• CL_USE_DEPRECATED_OPENCL_1_1_APIS : gmxopencl.h
• clear_f() : nbnxn_kernel_common.h
• clear_fshift() : nbnxn_kernel_common.h
• clear_idef() : domdec_topology.cpp
• clear_pull_forces() : pull.h
• clear_surface_points() : sm_insolidangle.cpp
• cmap_coeff_matrix : bonded.cpp
• cmap_dihs() : bonded.cpp , bonded.h
• cmap_setup_grid_index() : bonded.cpp
• CMP_ALLOCINT : sm_compare.cpp
• CMP_ALLOCREAL : sm_compare.cpp
• cmp_atomid() : indexutil.cpp
• cmp_bool() : compare.h
• cmp_double() : compare.h
• CMP_DYNAMICVAL : sm_compare.cpp
• CMP_EQUAL : sm_compare.cpp
• cmp_float() : compare.h
• CMP_GEQ : sm_compare.cpp
• CMP_GTR : sm_compare.cpp
• cmp_int() : sm_same.cpp , compare.h
• cmp_int64() : compare.h
• cmp_int_range() : params.cpp
• CMP_INVALID : sm_compare.cpp
• CMP_LEQ : sm_compare.cpp
• CMP_LESS : sm_compare.cpp
• CMP_NEQ : sm_compare.cpp
• cmp_real() : compare.h
• cmp_real_range() : params.cpp
• CMP_REALVAL : sm_compare.cpp
• CMP_SINGLEVAL : sm_compare.cpp
• cmp_str() : compare.h , sm_same.cpp
• cmp_uc() : compare.h
• cmp_us() : compare.h
• combine_blocka() : domdec_topology.cpp
• combine_idef() : domdec_topology.cpp
• comm_box_frac() : domdec_setup.cpp , domdec.h
• comm_cost_est() : domdec_setup.cpp
• comm_pme_cost_vol() : domdec_setup.cpp
• communicate_group_positions() : groupcoord.h
• comp_state() : state.h
• compact_unitcell_edges() : pbc.cpp
• comparison_type() : sm_compare.cpp
• comparison_type_str() : sm_compare.cpp
• compartment_contains_atom() : swapcoords.cpp
• complexConjugatMult() : crosscorr.cpp
• CompStr : swapcoords.cpp
• compute_factors_cbtdihs() : restcbt.cpp , restcbt.h
• compute_factors_restangles() : restcbt.cpp , restcbt.h
• compute_factors_restrdihs() : restcbt.h , restcbt.cpp
• computeAverageForce() : gmx_wham.cpp
• CONTINUE : cstringutil.h
• continue_pme_loadbal() : pme-load-balancing.cpp
• continuing() : cstringutil.h
• convert_const_values() : params.cpp
• convert_int_real() : sm_compare.cpp
• convert_real_int() : sm_compare.cpp
• convert_value() : params.cpp
• convert_values() : params.cpp
• convertOldToNewGroupFormat() : swapcoords.cpp
• copy_pullgrp_to_synthwindow() : gmx_wham.cpp
• copyIndicesToGroup() : swapcoords.cpp
• correct_box() : pbc.cpp
• correct_box_elem() : pbc.cpp
• count_excls() : domdec_topology.cpp
• countPruneKernelTime() : nbnxn_gpu_common.h
• CPU : pme.h
• create_simple_base() : poscalc.cpp
• create_subexpression_name() : compiler.cpp
• create_synthetic_histo() : gmx_wham.cpp
• cross_corr() : crosscorr.h , crosscorr.cpp
• cross_corr_low() : crosscorr.cpp
• cu_timers_t : nbnxn_cuda_types.h