Here is a list of all documented file members with links to the documentation:
- d -
- dd_atom_spread_real()
: domdec.h
- dd_atom_sum_real()
: domdec.h
- dd_bcast()
: domdec_network.h
, domdec_network.cpp
- dd_bcastc()
: domdec_network.cpp
, domdec_network.h
- dd_bonded_cg_distance()
: domdec_topology.cpp
, domdec.h
- dd_bonded_molpbc()
: domdec.h
- dd_charge_groups_global()
: domdec.h
- dd_check_ftype()
: domdec_topology.cpp
- dd_choose_grid()
: domdec.h
, domdec_setup.cpp
- dd_clear_f_vsites()
: domdec.h
, domdec_vsite.cpp
- dd_clear_local_constraint_indices()
: domdec_constraints.cpp
, domdec_constraints.h
- dd_clear_local_vsite_indices()
: domdec_constraints.cpp
, domdec_vsite.h
- dd_collect_state()
: domdec.h
- dd_collect_vec()
: domdec.h
- dd_constraints_nlocalatoms()
: domdec.h
, domdec_constraints.cpp
- dd_cycles_add()
: domdec.h
- dd_dist2()
: domdec_topology.cpp
- dd_dlb_is_locked()
: domdec.h
- dd_dlb_is_on()
: domdec.h
- dd_dlb_lock()
: domdec.h
- dd_dlb_unlock()
: domdec.h
- dd_force_flop_start()
: domdec.h
- dd_force_flop_stop()
: domdec.h
- dd_gather()
: domdec_network.cpp
, domdec_network.h
- dd_gatherv()
: domdec_network.cpp
, domdec_network.h
- dd_get_constraint_range()
: domdec.h
- dd_get_ns_ranges()
: domdec.h
- DD_GRID_MARGIN_PRES_SCALE
: domdec_setup.cpp
- dd_init_bondeds()
: domdec.h
- dd_init_local_state()
: domdec.h
, domdec_topology.cpp
- dd_init_local_top()
: domdec.h
, domdec_topology.cpp
- dd_make_local_cgs()
: domdec.h
, domdec_topology.cpp
- dd_make_local_constraints()
: domdec_constraints.cpp
, domdec_constraints.h
- dd_make_local_ed_indices()
: edsam.h
- dd_make_local_group_indices()
: groupcoord.h
- dd_make_local_IMD_atoms()
: imd.cpp
, imd.h
- dd_make_local_pull_groups()
: pull.h
- dd_make_local_rotation_groups()
: pull_rotation.h
- dd_make_local_swap_groups()
: swapcoords.cpp
, swapcoords.h
- dd_make_local_top()
: domdec.h
, domdec_topology.cpp
- dd_make_local_vsites()
: domdec_vsite.cpp
, domdec_vsite.h
- dd_make_reverse_top()
: domdec.h
, domdec_topology.cpp
- DD_MAXIZONE
: domdec_struct.h
- DD_MAXZONE
: domdec_struct.h
- dd_move_f()
: domdec.h
- dd_move_f_specat()
: domdec_specatomcomm.cpp
, domdec_specatomcomm.h
- dd_move_f_vsites()
: domdec.h
, domdec_vsite.cpp
- dd_move_x()
: domdec.h
- dd_move_x_constraints()
: domdec.h
, domdec_constraints.cpp
- dd_move_x_specat()
: domdec_specatomcomm.cpp
, domdec_specatomcomm.h
- dd_move_x_vsites()
: domdec.h
, domdec_vsite.cpp
- dd_natoms_mdatoms()
: domdec.h
- dd_natoms_vsite()
: domdec.h
- dd_partition_system()
: domdec.h
- dd_pme_f_ratio()
: domdec.h
- dd_pme_maxshift_x()
: domdec.h
- dd_pme_maxshift_y()
: domdec.h
- dd_print_missing_interactions()
: domdec.h
, domdec_topology.cpp
- dd_scatter()
: domdec_network.cpp
, domdec_network.h
- dd_scatterv()
: domdec_network.cpp
, domdec_network.h
- dd_sendrecv2_rvec()
: domdec_network.cpp
, domdec_network.h
- dd_sendrecv_int()
: domdec_network.h
, domdec_network.cpp
- dd_sendrecv_real()
: domdec_network.cpp
, domdec_network.h
- dd_sendrecv_rvec()
: domdec_network.h
, domdec_network.cpp
- dd_setup_dlb_resource_sharing()
: domdec.h
- dd_sort_local_top()
: domdec.h
, domdec_topology.cpp
- dd_store_state()
: domdec.h
- DdAllowBalanceRegionReopen
: dlbtiming.h
- ddBalanceRegionAllocate()
: dlbtiming.h
- DdBalanceRegionWaitedForGpu
: dlbtiming.h
- DdCloseBalanceRegionAfterForceComputation
: dlbtiming.h
- ddCloseBalanceRegionCpu()
: dlbtiming.h
- ddCloseBalanceRegionGpu()
: dlbtiming.h
- ddglatnr()
: domdec.h
- DDMASTER
: domdec_struct.h
- DDMASTERRANK
: domdec_network.cpp
- DdOpenBalanceRegionBeforeForceComputation
: dlbtiming.h
- ddOpenBalanceRegionCpu()
: dlbtiming.h
- ddOpenBalanceRegionGpu()
: dlbtiming.h
- DdRankOrder
: domdec.h
- ddReopenBalanceRegionCpu()
: dlbtiming.h
- debug
: fatalerror.h
- DEBUG_RUN_STEP
: nbnxn_ocl.cpp
- deform_init_box_mutex
: runner.cpp
- deform_init_box_tpx
: runner.cpp
- deform_init_init_step_tpx
: runner.cpp
- destroy_atomcomm()
: pme.cpp
- destroy_overlap_comm()
: pme.cpp
- destroy_reverse_ilist()
: domdec_topology.cpp
- detect_flux_per_channel()
: swapcoords.cpp
- detect_flux_per_channel_init()
: swapcoords.cpp
- df_history_t
: state.h
- dhdl_derivatives_names
: md_enums.h
- DHDLDERIVATIVESTYPE
: md_enums.h
- diagonalize_orires_tensors()
: orires.h
- dih_angle()
: bonded.h
- DimStr
: swapcoords.cpp
- DIR_SEPARATOR
: dir_separator.h
- div_round_up()
: pme.cpp
- div_up()
: domdec_setup.cpp
- divide_bondeds_by_locality()
: manage-threading.cpp
- divide_bondeds_over_threads()
: manage-threading.cpp
- DlbOption
: domdec.h
- do_ac_core()
: autocorr.cpp
- do_autocorr()
: autocorr.h
, autocorr.cpp
- do_bootstrapping()
: gmx_wham.cpp
- do_box_rel()
: boxutilities.cpp
- do_dih_fup()
: bonded.h
- do_edsam()
: edsam.h
- do_em_step()
: minimize.cpp
- do_ewald()
: ewald.cpp
, ewald.h
- do_flood()
: edsam.h
- do_force_listed()
: listed-forces.cpp
, listed-forces.h
- do_four_core()
: autocorr.cpp
- do_IMD()
: imd.cpp
, imd.h
- do_lmfit()
: expfit.h
, expfit.cpp
- do_pairs()
: pairs.cpp
, pairs.h
- do_pairs_general()
: pairs.cpp
- do_pairs_simple()
: pairs.cpp
- DO_Q
: pme-internal.h
- do_rotation()
: pull_rotation.h
- do_swapcoords()
: swapcoords.h
, swapcoords.cpp
- do_view()
: viewit.h
- DomainString
: swapcoords.cpp
- domdec_zones()
: domdec.h
- done_ed()
: edsam.h
- done_filenms()
: filenm.h
- dsaupd()
: gmx_arpack.h
- dseupd()
: gmx_arpack.h
- dump_pbc()
: pbc.cpp
- dump_tmp()
: autocorr.cpp
- dup_tfn()
: filenm.h