Here is a list of all documented file members with links to the documentation:

- s -

• s_ffn : expfit.cpp , expfit.h
• safe_exp() : expfit.cpp
• safe_expm1() : expfit.cpp
• save_calloc() : smalloc.h
• save_calloc_aligned() : smalloc.h
• save_free() : smalloc.h
• save_free_aligned() : smalloc.h
• save_malloc() : smalloc.h
• save_malloc_aligned() : smalloc.h
• save_realloc() : smalloc.h
• search_str() : strdb.h
• searchCumulative() : gmx_wham.cpp
• SEL_ALLOCDATA : selelem.h
• SEL_ALLOCVAL : selelem.h
• SEL_ARITHMETIC : selelem.h
• SEL_ATOMVAL : selelem.h
• SEL_BOOLEAN : selelem.h
• SEL_CDATA_COMMONSUBEXPR : compiler.cpp
• SEL_CDATA_DOMINMAX : compiler.cpp
• SEL_CDATA_EVALMAX : compiler.cpp
• SEL_CDATA_FULLEVAL : compiler.cpp
• SEL_CDATA_MINMAXALLOC : compiler.cpp
• SEL_CDATA_SIMPLESUBEXPR : compiler.cpp
• SEL_CDATA_STATIC : compiler.cpp
• SEL_CDATA_STATICEVAL : compiler.cpp
• SEL_CDATA_STATICMULTIEVALSUBEXPR : compiler.cpp
• SEL_CONST : selelem.h
• sel_datafunc : selmethod.h
• SEL_DYNAMIC : selelem.h
• SEL_EVALFRAME : selelem.h
• SEL_EXPRESSION : selelem.h
• SEL_FLAGSSET : selelem.h
• sel_framefunc : selmethod.h
• sel_freefunc : selmethod.h
• SEL_GROUPREF : selelem.h
• SEL_INITFRAME : selelem.h
• sel_initfunc : selmethod.h
• SEL_METHODINIT : selelem.h
• SEL_MODIFIER : selelem.h
• SEL_OUTINIT : selelem.h
• sel_outinitfunc : selmethod.h
• sel_posfunc : selmethod.h
• SEL_ROOT : selelem.h
• SEL_SINGLEVAL : selelem.h
• SEL_SUBEXPR : selelem.h
• SEL_SUBEXPRREF : selelem.h
• SEL_UNSORTED : selelem.h
• sel_updatefunc : selmethod.h
• sel_updatefunc_pos : selmethod.h
• SEL_VALFLAGMASK : selelem.h
• SEL_VALTYPEMASK : selelem.h
• SEL_VARNUMVAL : selelem.h
• select : domdec.h
• select_nbnxn_kernel() : nbnxn_ocl.cpp
• selectPruneKernel() : nbnxn_ocl.cpp
• separate_dhdl_file_names : md_enums.h
• SEPDHDLFILETYPE : md_enums.h
• set() : parser_internal.h
• Set : pme.h
• set_atoms() : indexutil.cpp
• set_box_rel() : state.h
• set_cutoff_parameters() : nbnxn_ocl_data_mgmt.cpp
• set_dd_dlb_max_cutoff() : domdec.h
• set_ddbox() : domdec.h , domdec_box.cpp
• set_ddbox_cr() : domdec.h , domdec_box.cpp
• set_empty() : parser_internal.h
• set_evaluation_function() : compiler.cpp
• set_expr_value_store() : params.cpp
• set_no_exclusions_zone() : domdec_topology.cpp
• set_over_alloc_dd() : smalloc.h
• set_pbc() : pbc.cpp
• set_pbc_dd() : pbc.cpp
• set_pbc_simd() : pbc-simd.cpp , pbc-simd.h
• set_pos_method_flags() : sm_position.cpp
• set_poscalc_maxindex() : poscalc.cpp
• set_poscoll_pos() : sm_position.cpp
• set_refpos_type() : parsetree.cpp
• set_state_entries() : mdrun.h
• set_tric_dir() : domdec_box.cpp
• setDynamicPairlistPruningParameters() : nbnxn_tuning.cpp
• setRandomBsWeights() : gmx_wham.cpp
• setup_acc_wham() : gmx_wham.cpp
• setup_base() : poscalc.cpp
• setup_bonded_threading() : manage-threading.cpp , manage-threading.h
• setup_coordinate_communication() : pme.cpp
• setup_memory_pooling() : compiler.cpp
• setup_specat_communication() : domdec_specatomcomm.cpp , domdec_specatomcomm.h
• setup_tab() : gmx_wham.cpp
• setupDynamicPairlistPruning() : nbnxn_tuning.cpp , nbnxn_tuning.h
• sffn2effn() : expfit.cpp , expfit.h
• sfree : smalloc.h
• sfree_aligned : smalloc.h
• shift_positions() : imd.cpp
• should_merge() : poscalc.cpp
• sizeof_gpu_dev_info() : gpu_utils.h , gpu_utils_ocl.cpp
• sm_all : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_altloc : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_atomname : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_atomnr : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_atomtype : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_betafactor : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_chain : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_charge : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_cog : selmethod.cpp , sm_position.cpp
• sm_com : selmethod.cpp , sm_position.cpp
• sm_compare : sm_compare.cpp , keywords.h
• sm_distance : selmethod.cpp , sm_distance.cpp
• sm_insertcode : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_insolidangle : selmethod.cpp , sm_insolidangle.cpp
• sm_keyword_int : keywords.h , sm_keywords.cpp
• sm_keyword_pos : keywords.h , sm_position.cpp
• sm_keyword_real : keywords.h , sm_keywords.cpp
• sm_keyword_str : keywords.h , sm_keywords.cpp
• sm_mass : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_merge : selmethod.cpp , sm_merge.cpp
• sm_mindistance : selmethod.cpp , sm_distance.cpp
• sm_molindex : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_none : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_occupancy : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_pdbatomname : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_permute : selmethod.cpp , sm_permute.cpp
• sm_plus : selmethod.cpp , sm_merge.cpp
• sm_resindex : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_resname : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_resnr : sm_simple.cpp , selmethod.cpp
• sm_same : selmethod.cpp , sm_same.cpp
• sm_same_str : sm_same.cpp
• sm_within : sm_distance.cpp , selmethod.cpp
• sm_x : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_y : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• sm_z : selmethod.cpp , sm_simple.cpp
• smalloc : smalloc.h
• SMETH_ALLOW_UNSORTED : selmethod.h
• SMETH_CHARVAL : selmethod.h
• SMETH_DYNAMIC : selmethod.h
• SMETH_MODIFIER : selmethod.h
• SMETH_REQMASS : selmethod.h
• SMETH_REQTOP : selmethod.h
• SMETH_SINGLEVAL : selmethod.h
• SMETH_VARNUMVAL : selmethod.h
• smoothIact() : gmx_wham.cpp
• smparams_com : sm_position.cpp
• smparams_compare : sm_compare.cpp
• smparams_distance : sm_distance.cpp
• smparams_insolidangle : sm_insolidangle.cpp
• smparams_keyword_int : sm_keywords.cpp
• smparams_keyword_pos : sm_position.cpp
• smparams_keyword_real : sm_keywords.cpp
• smparams_keyword_str : sm_keywords.cpp
• smparams_kweval_group : sm_keywords.cpp
• smparams_kweval_pos : sm_keywords.cpp
• smparams_merge : sm_merge.cpp
• smparams_mindistance : sm_distance.cpp
• smparams_permute : sm_permute.cpp
• smparams_same_int : sm_same.cpp
• smparams_same_str : sm_same.cpp
• smparams_within : sm_distance.cpp
• smtable_def : selmethod.cpp
• snew : smalloc.h
• snew_aligned : smalloc.h
• snew_bc() : broadcaststructs.h
• sortMoleculesIntoCompartments() : swapcoords.cpp
• sp_header() : minimize.cpp
• SPAR_ATOMVAL : selparam.h
• SPAR_DYNAMIC : selparam.h
• SPAR_ENUMVAL : selparam.h
• SPAR_OPTIONAL : selparam.h
• SPAR_RANGES : selparam.h
• SPAR_SET : selparam.h
• SPAR_VARNUM : selparam.h
• specat_comm_init() : domdec_specatomcomm.cpp , domdec_specatomcomm.h
• sph_distc() : sm_insolidangle.cpp
• srenew : smalloc.h
• ssaupd() : gmx_arpack.h
• sseupd() : gmx_arpack.h
• startGpuProfiler() : gpu_utils.h
• state_change_natoms() : state.h
• STEPSTRSIZE : cstringutil.h
• stopGpuProfiler() : gpu_utils.h
• store_param_val() : compiler.cpp
• store_surface_point() : sm_insolidangle.cpp
• str_to_int64_t() : cstringutil.h
• STR_VALUE : selvalue.h
• STRINGIFY_MACRO : nbnxn_ocl_jit_support.cpp
• STRINGIFY_PARAM : nbnxn_ocl_jit_support.cpp
• strip_comment() : cstringutil.h
• STRLEN : cstringutil.h
• supportsDynamicPairlistGenerationInterval() : nbnxn_tuning.cpp
• swap_em_state() : minimize.cpp
• swap_header() : imd.cpp
• SwapStr : swapcoords.cpp
• switch_to_stage1() : pme-load-balancing.cpp
• SwS : swapcoords.cpp
• SwSEmpty : swapcoords.cpp
• symmetrizeProfile() : gmx_wham.cpp
• sync_ocl_event() : nbnxn_ocl.cpp