- _ -

• _gmx_error() : fatalerror.h
• _range_check() : fatalerror.h

- a -

• add_suffix_to_output_names() : filenm.h
• asize() : arraysize.h

- b -

• bDebugMode() : fatalerror.h

- c -

• clearModificationBlock() : hackblock.h
• close_symtab() : symtab.h
• comp_state() : state.h
• continuing() : cstringutil.h
• copyModificationBlocks() : hackblock.h
• copyPreprocessResidues() : hackblock.h

- d -

• do_view() : viewit.h
• done_symtab() : symtab.h
• duplicateSymtab() : symtab.h

- e -

• enum_name() : md_enums.h

- f -

• fgets2() : cstringutil.h
• free_symtab() : symtab.h
• frewind() : futil.h
• ftp2bSet() : filenm.h
• ftp2fn() : filenm.h
• ftp2fn_null() : filenm.h
• ftp2fns() : filenm.h

- g -

• get_symtab_handle() : symtab.h
• getDatabaseEntry() : resall.h
• getGpuImplementationString() : baseversion.h
• gmx_ana_index_check_range() : indexutil.h
• gmx_ana_index_check_sorted() : indexutil.h
• gmx_ana_index_clear() : indexutil.h
• gmx_ana_index_contains() : indexutil.h
• gmx_ana_index_copy() : indexutil.h
• gmx_ana_index_deinit() : indexutil.h
• gmx_ana_index_difference() : indexutil.h
• gmx_ana_index_difference_size() : indexutil.h
• gmx_ana_index_dump() : indexutil.h
• gmx_ana_index_equals() : indexutil.h
• gmx_ana_index_get_max_index() : indexutil.h
• gmx_ana_index_has_complete_elems() : indexutil.h
• gmx_ana_index_has_full_ablocks() : indexutil.h
• gmx_ana_index_has_full_blocks() : indexutil.h
• gmx_ana_index_init_simple() : indexutil.h
• gmx_ana_index_intersection() : indexutil.h
• gmx_ana_index_make_block() : indexutil.h
• gmx_ana_index_merge() : indexutil.h
• gmx_ana_index_partition() : indexutil.h
• gmx_ana_index_remove_duplicates() : indexutil.h
• gmx_ana_index_reserve() : indexutil.h
• gmx_ana_index_set() : indexutil.h
• gmx_ana_index_sort() : indexutil.h
• gmx_ana_index_squeeze() : indexutil.h
• gmx_ana_index_union() : indexutil.h
• gmx_ana_index_union_unsorted() : indexutil.h
• gmx_ana_indexgrps_extract() : indexutil.h
• gmx_ana_indexgrps_find() : indexutil.h
• gmx_ana_indexgrps_free() : indexutil.h
• gmx_ana_indexgrps_get_grp() : indexutil.h
• gmx_ana_indexgrps_init() : indexutil.h
• gmx_ana_indexgrps_is_empty() : indexutil.h
• gmx_ana_indexgrps_print() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_clear() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_copy() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_deinit() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_init() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_init_orgid_group() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_reserve() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_set_static() : indexutil.h
• gmx_ana_indexmap_update() : indexutil.h
• gmx_ana_pos_add_to_group() : position.h
• gmx_ana_pos_append() : position.h
• gmx_ana_pos_append_finish() : position.h
• gmx_ana_pos_append_init() : position.h
• gmx_ana_pos_copy() : position.h
• gmx_ana_pos_empty() : position.h
• gmx_ana_pos_empty_init() : position.h
• gmx_ana_pos_init_const() : position.h
• gmx_ana_pos_reserve() : position.h
• gmx_ana_pos_reserve_for_append() : position.h
• gmx_ana_pos_reserve_forces() : position.h
• gmx_ana_pos_reserve_velocities() : position.h
• gmx_ana_pos_set_nr() : position.h
• gmx_chdir() : futil.h
• gmx_disable_file_buffering() : futil.h
• gmx_exit_on_fatal_error() : fatalerror.h
• gmx_fatal() : fatalerror.h
• gmx_fatal_mpi_va() : fatalerror.h
• gmx_fatal_set_log_file() : fatalerror.h
• gmx_fexist() : futil.h
• gmx_ffclose() : futil.h
• gmx_ffopen() : futil.h
• gmx_fft_1d() : fft.h
• gmx_fft_1d_real() : fft.h
• gmx_fft_2d_real() : fft.h
• gmx_fft_cleanup() : fft.h
• gmx_fft_destroy() : fft.h
• gmx_fft_init_1d() : fft.h
• gmx_fft_init_1d_real() : fft.h
• gmx_fft_init_2d_real() : fft.h
• gmx_fft_init_many_1d() : fft.h
• gmx_fft_init_many_1d_real() : fft.h
• gmx_fft_many_1d() : fft.h
• gmx_fft_many_1d_real() : fft.h
• gmx_fft_transpose_2d() : fft.h
• gmx_file_copy() : futil.h
• gmx_file_rename() : futil.h
• gmx_fopen_temporary() : futil.h
• gmx_fseek() : futil.h
• gmx_fsync() : futil.h
• gmx_ftell() : futil.h
• gmx_getcwd() : futil.h
• gmx_init_debug() : fatalerror.h
• gmx_is_double_precision() : baseversion.h
• gmx_is_single_precision() : baseversion.h
• gmx_many_fft_destroy() : fft.h
• gmx_run_cmain() : cmdlineinit.h
• gmx_set_error_handler() : fatalerror.h
• gmx_set_max_backup_count() : futil.h
• gmx_step_str() : cstringutil.h
• gmx_strcasecmp() : cstringutil.h
• gmx_strcasecmp_min() : cstringutil.h
• gmx_strdup() : cstringutil.h
• gmx_string_fullhash_func() : cstringutil.h
• gmx_string_hash_func() : cstringutil.h
• gmx_strncasecmp() : cstringutil.h
• gmx_strncasecmp_min() : cstringutil.h
• gmx_strndup() : cstringutil.h
• gmx_tmpnam() : futil.h
• gmx_truncate() : futil.h
• gmx_version() : baseversion.h
• gmx_version_git_central_base_hash() : baseversion.h
• gmx_version_git_full_hash() : baseversion.h
• gmx_warning() : fatalerror.h
• gmx_wcmatch() : cstringutil.h
• gmxDOI() : baseversion.h

- h -

• hasSuffixFromNoAppend() : filenm.h

- i -

• init_dfhist_state() : state.h
• init_gtc_state() : state.h
• initialize_lambdas() : state.h
• is_optional() : filenm.h
• is_output() : filenm.h
• is_set() : filenm.h

- l -

• lookup_symtab() : symtab.h
• ltrim() : cstringutil.h

- m -

• main() : template.cpp
• make_backup() : futil.h
• makeRvecArray() : state.h
• makeSimulationInput() : simulationinputhandle.h
• mergeAtomAndBondModifications() : hackblock.h
• mergeAtomModifications() : hackblock.h
• mergeBondedInteractionList() : hackblock.h

- n -

• nenum() : pargs.h

- o -

• open_symtab() : symtab.h
• operator""_real() : real.h
• opt2bSet() : filenm.h
• opt2fn() : filenm.h
• opt2fn_null() : filenm.h
• opt2fns() : filenm.h
• opt2fnsIfOptionSet() : filenm.h
• opt2parg_bool() : pargs.h
• opt2parg_bSet() : pargs.h
• opt2parg_enum() : pargs.h
• opt2parg_int() : pargs.h
• opt2parg_real() : pargs.h
• opt2parg_str() : pargs.h
• over_alloc_dd() : smalloc.h
• over_alloc_large() : smalloc.h
• over_alloc_small() : smalloc.h

- p -

• parse_common_args() : pargs.h
• pbcDxAiuc() : pbc_aiuc.h
• positionsFromStatePointer() : state.h
• pr_symtab() : symtab.h
• preserve_box_shape() : state.h
• print_resall() : resall.h
• printLambdaStateToLog() : state.h
• put_symtab() : symtab.h

- r -

• read_atype() : resall.h
• readResidueDatabase() : resall.h
• readStringTableEntry() : symtab.h
• rtrim() : cstringutil.h

- s -

• save_calloc() : smalloc.h
• save_calloc_aligned() : smalloc.h
• save_free() : smalloc.h
• save_free_aligned() : smalloc.h
• save_malloc() : smalloc.h
• save_malloc_aligned() : smalloc.h
• save_realloc() : smalloc.h
• searchResidueDatabase() : resall.h
• set_box_rel() : state.h
• set_over_alloc_dd() : smalloc.h
• setPbcAiuc() : pbc_aiuc.h
• state_change_natoms() : state.h
• str_to_int64_t() : cstringutil.h
• strip_comment() : cstringutil.h

- t -

• trim() : cstringutil.h

- u -

• upstring() : cstringutil.h

- v -

• view_all() : viewit.h

- w -

• wrap_lines() : cstringutil.h