Here is a list of all documented file members with links to the documentation:

- d -

• dd_atom_spread_real() : domdec.h
• dd_atom_sum_real() : domdec.h
• dd_bcast() : domdec_network.h
• dd_bcastc() : domdec_network.cpp , domdec_network.h
• dd_bonded_cg_distance() : computemultibodycutoffs.h
• dd_bonded_molpbc() : domdec.h
• dd_check_ftype() : reversetopology.cpp , reversetopology.h
• dd_clear_f_vsites() : domdec.h , domdec_vsite.cpp
• dd_clear_local_constraint_indices() : domdec_constraints.cpp , domdec_constraints.h
• dd_clear_local_vsite_indices() : domdec_vsite.cpp , domdec_vsite.h
• dd_collect_state() : collect.h
• dd_collect_vec() : collect.h
• dd_constraints_nlocalatoms() : domdec.h , domdec_constraints.cpp
• dd_cycles_add() : domdec.h
• dd_dist2() : localtopology.cpp
• dd_distribute_dfhist() : distribute.h
• dd_dlb_get_should_check_whether_to_turn_dlb_on() : dlb.cpp , dlb.h
• dd_dlb_is_locked() : dlb.cpp , dlb.h
• dd_dlb_is_on() : dlb.cpp , dlb.h
• dd_dlb_lock() : dlb.cpp , dlb.h
• dd_dlb_set_should_check_whether_to_turn_dlb_on() : dlb.h , dlb.cpp
• dd_dlb_unlock() : dlb.cpp , dlb.h
• dd_f_imbal() : partition.cpp
• dd_force_flop_start() : dlbtiming.h
• dd_force_flop_stop() : dlbtiming.h
• dd_force_imb_perf_loss() : partition.cpp
• dd_force_load() : partition.cpp
• dd_force_load_fraction() : partition.cpp
• dd_gather() : domdec_network.h
• dd_gatherv() : domdec_network.h
• dd_get_constraint_range() : domdec.h
• DD_GRID_MARGIN_PRES_SCALE : domdec_setup.cpp
• dd_init_local_state() : domdec.h
• dd_load_count() : utility.h
• dd_load_flags() : partition.cpp
• dd_make_local_constraints() : domdec_constraints.cpp , domdec_constraints.h
• dd_make_local_ed_indices() : edsam.h
• dd_make_local_group_indices() : groupcoord.h
• dd_make_local_pull_groups() : pull.h
• dd_make_local_top() : localtopology.h
• dd_make_local_vsites() : domdec_vsite.cpp , domdec_vsite.h
• dd_make_reverse_top() : reversetopology.h
• DD_MAXIZONE : domdec_struct.h
• DD_MAXZONE : domdec_struct.h
• dd_moleculesAreAlwaysWhole() : domdec.h
• dd_move_cellx() : partition.cpp
• dd_move_f() : domdec.h
• dd_move_f_specat() : domdec_specatomcomm.cpp , domdec_specatomcomm.h
• dd_move_f_vsites() : domdec.h , domdec_vsite.cpp
• dd_move_x() : domdec.h
• dd_move_x_and_v_vsites() : domdec.h , domdec_vsite.cpp
• dd_move_x_constraints() : domdec.h , domdec_constraints.cpp
• dd_move_x_specat() : domdec_specatomcomm.cpp , domdec_specatomcomm.h
• dd_move_x_vsites() : domdec.h , domdec_vsite.cpp
• dd_natoms_mdatoms() : domdec.h
• dd_natoms_vsite() : domdec.h
• dd_numAtomsZones() : domdec.h
• dd_numHomeAtoms() : domdec.h
• DD_PERF_LOSS_DLB_ON : partition.cpp
• DD_PERF_LOSS_WARN : partition.cpp
• dd_pme_f_ratio() : dlb.cpp , dlb.h
• dd_pme_maxshift_x() : domdec.h
• dd_pme_maxshift_y() : domdec.h
• dd_pmeredist_f() : pme_redistribute.cpp , pme_redistribute.h
• dd_pmeredist_pos_coeffs() : pme_redistribute.cpp
• dd_print_load() : partition.cpp
• dd_print_load_verbose() : partition.cpp
• dd_redistribute_cg() : redistribute.h
• dd_resize_atominfo_and_state() : utility.cpp , utility.h
• dd_scatter() : domdec_network.h
• dd_scatterv() : domdec_network.h
• dd_sendrecv2_rvec() : domdec_network.h
• dd_set_atominfo() : partition.cpp
• dd_setup_dlb_resource_sharing() : domdec.h
• dd_sort_order_nbnxn() : partition.cpp
• dd_sort_state() : partition.cpp
• dd_store_state() : domdec.h
• dd_vol_min() : partition.cpp
• DdAllowBalanceRegionReopen : dlbtiming.h
• ddBalanceRegionAllocate() : dlbtiming.h
• DdBalanceRegionWaitedForGpu : dlbtiming.h
• ddGetAtomInfo() : utility.h
• ddglatnr() : domdec.h
• DDMASTER() : domdec_struct.h
• DDMASTERRANK : domdec_network.cpp
• ddReopenBalanceRegionCpu() : dlbtiming.h
• ddSendrecv() : domdec_network.h , domdec_network.cpp , domdec_network.h
• ddSendrecv< gmx::RVec >() : domdec_network.h
• ddSendrecv< int >() : domdec_network.h
• ddSendrecv< real >() : domdec_network.h
• ddSendrecv< rvec >() : domdec_network.h
• ddUsesUpdateGroups() : domdec.h
• debug : fatalerror.h
• decideGpuTimingsUsage() : gpu_utils.cpp , gpu_utils.h
• Delete : hackblock.h
• deserializeDeviceInformations() : device_management.h , device_management_common.cpp
• destroyParamLookupTable() : devicebuffer_ocl.h , devicebuffer_sycl.h
• detect_flux_per_channel() : swapcoords.cpp
• detect_flux_per_channel_init() : swapcoords.cpp
• DeviceBuffer : devicebuffer_datatype.h
• deviceIdIsCompatible() : device_management_common.cpp , device_management.h
• DeviceNotTargeted : device_information.h
• DeviceStatus : device_information.h
• DeviceStreamPriority : device_stream.h
• DeviceTexture : devicebuffer_ocl.h , gputraits_sycl.h
• DeviceVendor : device_information.h
• dhbtDH : energyoutput.h
• dhbtDHDL : energyoutput.h
• dhbtEN : energyoutput.h
• dhbtEXPANDED : energyoutput.h
• dhbtNR : energyoutput.h
• dhbtPV : energyoutput.h
• DhDlDerivativeCalculation : md_enums.h
• diagonalize_orires_tensors() : orires.h
• dih_angle() : bonded.h
• dim2char() : utility.cpp , utility.h
• DimStr : swapcoords.cpp
• DIR_SEPARATOR : dir_separator.h
• directListIsFaster() : ga2la.cpp
• DispersionCorrectionType : md_enums.h
• DisResRunMode : disre.h
• DistanceRestraintRefinement : md_enums.h
• DistanceRestraintWeighting : md_enums.h
• distributeState() : distribute.h
• div_round_up() : pme.cpp
• div_up() : domdec_setup.cpp
• divide_bondeds_by_locality() : manage_threading.cpp
• divide_bondeds_over_threads() : manage_threading.cpp
• do_ac_core() : autocorr.cpp
• do_autocorr() : autocorr.h , autocorr.cpp
• do_bootstrapping() : gmx_wham.cpp
• do_box_rel() : boxutilities.cpp
• do_dih_fup() : bonded.h
• do_edsam() : edsam.h
• do_em_step() : minimize.cpp
• do_ewald() : ewald.h , ewald.cpp
• do_flood() : edsam.h
• do_four_core() : autocorr.cpp
• do_lmfit() : expfit.cpp , expfit.h
• do_pairs() : pairs.cpp , pairs.h
• do_pairs_general() : pairs.cpp
• do_pairs_simple() : pairs.cpp
• do_pbc_first_mtop() : pbc.cpp
• do_pbc_mtop() : pbc.cpp
• DO_Q : pme_internal.h
• do_redist_pos_coeffs() : pme_redistribute.cpp , pme_redistribute.h
• do_rotation() : pull_rotation.h
• do_swapcoords() : swapcoords.cpp , swapcoords.h
• do_view() : viewit.h
• Domain : swapcoords.cpp
• DomainString : swapcoords.cpp
• domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff() : utility.h
• domdec_zones() : domdec.h
• done_symtab() : symtab.h , symtab.cpp
• dsaupd() : gmx_arpack.h
• dseupd() : gmx_arpack.h
• dump_pbc() : pbc.cpp
• dump_tmp() : autocorr.cpp
• duplicateSymtab() : symtab.h , symtab.cpp