Gromacs  2022.2
 All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Macros Groups Pages
Class Index
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X
  A  
DeviceInformation   InconsistentInputError (gmx)   ObservablesReducer (gmx)   SimdFBool (gmx)   
DeviceStream   InstallationPrefixInfo (gmx)   ObservablesReducerBuilder (gmx)   SimdFIBool (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   DeviceStreamManager (gmx)   Int64Option (gmx)   OpenClTraits (gmx)   SimdFInt32 (gmx)   
AbstractAnalysisData (gmx)   df_history_t   Int64OptionInfo (gmx)   OpenClTraits< cl_command_queue > (gmx)   SimdFInt32Tag (gmx)   
AbstractAverageHistogram (gmx)   Grid::Dimensions (Nbnxm)   IntegerOption (gmx)   OpenClTraits< cl_context > (gmx)   SimdFloat (gmx)   
AbstractCompositeHelpTopic (gmx)   DirectoryEnumerator (gmx)   IntegerOptionInfo (gmx)   OpenClTraits< cl_kernel > (gmx)   SimdFloatTag (gmx)   
AbstractOption (gmx)   DomainDecompositionBuilder (gmx)   InteractionListHandle   OpenClTraits< cl_program > (gmx)   SimdSetZeroProxy (gmx)   
AbstractOptionSection (gmx)   DomainLifetimeWorkload (gmx)   InteractionOfType   OpenClTraitsBase (gmx)   SimdTraits (gmx::internal)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   DomdecOptions (gmx)   InteractionsOfType   OptionInfo (gmx)   SimpleHelpTopic (gmx)   
AbstractOptionStorage (gmx)   DoubleOption (gmx)   InteractiveMD (gmx)   OptionManagerContainer (gmx)   SimulationAlgorithmSetupError (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   InteractiveTestHelper (gmx::test)   Options (gmx)   SimulationContext (gmx)   
AbstractSimpleHelpTopic (gmx)   
  E  
InternalError (gmx)   OptionsAssigner (gmx)   SimulationGroups   
accessor_basic (gmx)   InvalidInputError (gmx)   OptionsBehaviorCollection (gmx)   SimulationInputHandle   
AffineTransformation (gmx)   ekinstate_t   IonSwapping (gmx)   OptionSection (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom (gmx)   ElementNotFoundError (gmx)   IOptionManager (gmx)   OptionSectionHandle (gmx)   SimulationSignal (gmx)   
AlignedAllocationPolicy (gmx)   EnergyCalculationFrequencyErrors (gmx)   IOptionsBehavior (gmx)   OptionsIterator (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AlignedArray< double, N > (gmx)   gmx_ga2la_t::Entry   IOptionsContainer (gmx)   OptionsModifyingIterator (gmx)   SimulationTimeStep (gmx)   
AlignedArray< float, N > (gmx)   EnumerationArray (gmx)   IOptionsContainerWithSections (gmx)   OptionsModifyingTypeVisitor (gmx)   SimulationWorkload (gmx)   
Allocator (gmx)   EnumerationIterator (gmx)   IOutputAdapter (gmx)   OptionsModifyingVisitor (gmx)   SimulatorBuilder (gmx)   
AllocatorTest (gmx::test)   EnumerationWrapper (gmx)   IProgramContext (gmx)   OptionStorageTemplate (gmx)   SimulatorConfig (gmx)   
AnalysisArrayData (gmx)   EnumOption (gmx)   IRestraintPotential (gmx)   OptionStorageTemplateSimple (gmx)   SimulatorEnv (gmx)   
AnalysisData (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   ISerializer (gmx)   OptionsTypeVisitor (gmx)   SimulatorStateData (gmx)   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   EqualCaseInsensitive (gmx)   isIntegralConstant (gmx)   OptionsVisitor (gmx)   Site (gmx)   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   EwaldBoxZScaler   IsSerializableEnum (gmx)   OptionTemplate (gmx)   StandardInputStream (gmx)   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   ExactTextMatch (gmx::test)   Range::iterator (gmx)   OptionValueConverterSimple (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   ITextBlockMatcher (gmx::test)   OutputAdapterContainer (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   ITextBlockMatcherSettings (gmx::test)   OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   ExclusionBlock (gmx)   ITopologyProvider (gmx)   OutputRequirements (gmx)   StdioTestHelper (gmx::test)   
AnalysisDataHandle (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   
  K  
OutputSelector (gmx)   StepWorkload (gmx)   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   ExponentialMovingAverage (gmx)   OutputSelectorDeathTest (gmx::test)   StopConditionSignal (gmx)   
AnalysisDataModuleManager (gmx)   ExponentialMovingAverageState (gmx)   KeyValueTreeBuilder (gmx)   
  P  
StopConditionTime (gmx)   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   extents (gmx)   KeyValueTreeObjectArrayBuilder (gmx)   StopHandler (gmx)   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   extents_analyse< 0 > (gmx::detail)   KeyValueTreeObjectBuilder (gmx)   HardwareTopology::Package (gmx)   StopHandlerBuilder (gmx)   
AnalysisDataParallelOptions (gmx)   extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreePath (gmx)   PaddedVector (gmx)   StringCompare (gmx)   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder (gmx)   PaddingTraits (gmx::detail)   StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   
  F  
KeyValueTreeTransformRulesScoped (gmx)   PageAlignedAllocationPolicy (gmx)   StringInputStream (gmx)   
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   KeyValueTreeUniformArrayBuilder (gmx)   PairlistSets   StringOption (gmx)   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   FileIOError (gmx)   KeyValueTreeValueBuilder (gmx)   PairSearch   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisDataStorage (gmx)   FileNameOption (gmx)   
  L  
PairsearchWork   StringOutputStream (gmx)   
AnalysisDataStorageFrame (gmx)   FileNameOptionInfo (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   StringTable   
AnalysisDataTestFixture (gmx::test)   FileNameOptionManager (gmx)   layout_right (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   StringTableBuilder   
AnalysisDataTestInput (gmx::test)   FilteringExactTextMatch (gmx::test)   LegacyEnumOption (gmx)   UniformIntDistribution::param_type (gmx)   StringTableEntry   
AnalysisDataTestInputFrame (gmx::test)   FixedCapacityVector (gmx)   LegacyInput (gmx)   TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   StringTestBase (gmx::test)   
AnalysisDataTestInputPointSet (gmx::test)   FlagsTemplate (gmx)   LegacyMdrunOptions (gmx)   NormalDistribution::param_type (gmx)   StringToEnumValueConverter (gmx)   
AnalysisDataValue (gmx)   FlagTest (gmx::test)   ListedForces   GammaDistribution::param_type (gmx)   
  T  
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   FloatingPointDifference (gmx::test)   ListOfLists (gmx)   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   FloatingPointTolerance (gmx::test)   LocalAtomSet (gmx)   PartialDeserializedTprFile   t_filenm   
AnalysisHistogramSettings (gmx)   FloatOption (gmx)   LocalAtomSetManager (gmx)   PbcAiuc   t_mapping   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   FloatOptionInfo (gmx)   LocalTopologyChecker (gmx)   PhysicalNodeCommunicator (gmx)   t_matrix   
AnalysisNeighborhood (gmx)   ForceBuffers (gmx)   LogEntryWriter (gmx)   PmeForceSenderGpu (gmx)   t_mdatoms   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   ForceBuffersView (gmx)   LoggerBuilder (gmx)   PmeGpuProgram   t_oriresdata   
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   ForceHelperBuffers   LoggerOwner (gmx)   PmePpCommGpu (gmx)   t_pargs   
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   ForceOutputs (gmx)   LoggerTestHelper (gmx::test)   GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude (gmx)   t_pbc   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   ForceProviderInput (gmx)   HardwareTopology::LogicalProcessor (gmx)   PotentialPointData (gmx)   t_state   
AnalyticalSplineTableInput (gmx)   ForceProviderOutput (gmx)   CpuInfo::LogicalProcessor (gmx)   PpRanks   t_symbuf   
Any (gmx)   ForceProviders (gmx)   LogLevelHelper (gmx)   PreprocessingAtomTypes   t_xpmelmt   
AnyOutputSupportedFiles (gmx::test)   ForceWithShiftForces (gmx)   
  M  
PreprocessingBondAtomType   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
APIError (gmx)   ForceWithVirial (gmx)   PreprocessResidue   TestException (gmx::test)   
ArrayRef (gmx)   ForeignLambdaTerms   HardwareTopology::Machine (gmx)   HardwareTopology::ProcessingUnit (gmx)   TestFileInputRedirector (gmx::test)   
ArrayRefWithPadding (gmx)   
  G  
MappedUnionFinder (gmx)   Profiling (gmx)   TestFileManager (gmx::test)   
AtomIterator   layout_right::mapping (gmx)   PullCoordExpressionParser (gmx)   TestFileOutputRedirector (gmx::test)   
AtomProperties   GammaDistribution (gmx)   MDAtoms (gmx)   
  Q  
TestOptionsProvider (gmx::test)   
AtomProxy   GaussianSpreadKernelParameters (gmx)   MDLogger (gmx)   TestReferenceChecker (gmx::test)   
AtomRange   GaussTransform3D (gmx)   MDModules (gmx)   QMInputFileName (gmx)   TestReferenceData (gmx::test)   
Awh (gmx)   GlobalCommandLineHelpContext (gmx)   MDModulesCheckpointReadingBroadcast (gmx)   QuadraticSplineTable (gmx)   TextFileMatch (gmx::test)   
  B  
gmx_ana_index_t   MDModulesCheckpointReadingDataOnMaster (gmx)   
  R  
TextInputFile (gmx)   
gmx_ana_indexmap_t   MDModulesEnergyOutputToDensityFittingRequestChecker (gmx)   TextInputStream (gmx)   
basic_mdspan (gmx)   gmx_ana_pos_t   MDModulesEnergyOutputToQMMMRequestChecker (gmx)   Range (gmx)   TextLineWrapper (gmx)   
BasicVector (gmx)   gmx_cache_protect_t   MDModulesNotifier (gmx)   RangeError (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
BenchmarkSystem (gmx)   gmx_enerdata_t   MDModulesNotifiers (gmx)   RangePartitioning (gmx)   TextOutputFile (gmx)   
BinaryInformationSettings (gmx)   gmx_ffparams_t   MDModulesWriteCheckpointData (gmx)   ReadCheckpointDataHolder (gmx)   TextOutputStream (gmx)   
BondedInteraction   gmx_ga2la_t   MdRunInputFilename (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   TextReader (gmx)   
BondedInteractionList   gmx_localtop_t   Mdrunner (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   TextTableFormatter (gmx)   
BooleanOption (gmx)   gmx_molblock_t   MdrunnerBuilder (gmx)   ReplicaExchangeParameters   TextWriter (gmx)   
BooleanOptionInfo (gmx)   gmx_moltype_t   MembedHolder (gmx)   ResetHandler (gmx)   ThreeFry2x64 (gmx)   
BoxDeformationHandle (gmx)   gmx_multisim_t   MessageStringCollector (gmx)   RestraintManager (gmx)   ThreeFry2x64Fast (gmx)   
BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter...> (gmx)   gmx_sparsematrix   MessageStringContext (gmx)   RestraintMDModule (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
  C  
GpuEventSynchronizer   MissingElementConnectionError (gmx)   
  S  
TimeUnitBehavior (gmx)   
GpuHaloExchange (gmx)   ModularSimulator (gmx)   TimeUnitManager (gmx)   
HardwareTopology::Cache (gmx)   GpuRegionTimerImpl   ModularSimulatorError (gmx)   Selection (gmx)   ToleranceError (gmx)   
CheckpointData (gmx)   GpuRegionTimerWrapper   ModuleSelection (gmx::test)   SelectionCollection (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject (gmx)   
CheckpointError (gmx)   GpuTaskAssignments (gmx)   ModuleTest (gmx::test)   SelectionFileOption (gmx)   TopologyData (gmx)   
CheckpointHandler (gmx)   GpuTaskAssignmentsBuilder (gmx)   MoleculeBlockIndices   SelectionFileOptionInfo (gmx)   TopologyInformation (gmx)   
CheckpointHeaderContents   GpuTaskMapping (gmx)   MoleculeInformation   SelectionOption (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue (gmx)   
ClfftInitializer (gmx)   GromacsException (gmx)   MoleculePatch   SelectionOptionBehavior (gmx)   TprAndFileManager (gmx::test)   
ClHandle (gmx)   GromppMtsOpts (gmx)   MoleculePatchDatabase   SelectionOptionInfo (gmx)   TpxFileHeader   
CommandLine (gmx::test)   
  H  
MrcDataStatistics (gmx)   SelectionOptionManager (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
CommandLineHelpContext (gmx)   MrcDensityMapHeader (gmx)   SelectionPosition (gmx)   TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
CommandLineHelpWriter (gmx)   HardwareTopology (gmx)   MrcDensityMapOfFloatFromFileReader (gmx)   SelectionTopologyProperties (gmx)   TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
CommandLineModuleGroup (gmx)   HashedMap (gmx)   MrcDensityMapOfFloatReader (gmx)   SeparatePmeRanksPermitted (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
CommandLineModuleManager (gmx)   HelpLinks (gmx)   MrcDensityMapOfFloatWriter (gmx)   SetAtoms (gmx)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   HelpManager (gmx)   MrcDensitySkewData (gmx)   SetAtomsSupportedFiles (gmx::test)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
CommandLineParser (gmx)   HelpWriterContext (gmx)   MtsLevel (gmx)   SetAtomsUnSupportedFiles (gmx::test)   TranslateAndScale (gmx)   
CommandLineProgramContext (gmx)   history_t   MultiDimArray (gmx)   SetBox (gmx)   
  U  
CommandLineTestBase (gmx::test)   HostAllocationPolicy (gmx)   
  N  
SetForces (gmx)   
CommandLineTestHelper (gmx::test)   
  I  
SetForceSupportedFiles (gmx::test)   UniformIntDistribution (gmx)   
CompositeHelpTopic (gmx)   nbnxn_cj4_t   SetForceUnSupportedFiles (gmx::test)   UniformRealDistribution (gmx)   
ConfMatch (gmx::test)   IAnalysisDataModule (gmx)   nbnxn_cj_t   SetPrecision (gmx)   UnionFinder (gmx)   
Constraints (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork::IClusterData   nbnxn_cycle_t   SetPrecisionSupportedFiles (gmx::test)   Update (gmx)   
ConstraintsParam (gmx)   ICommandLineModule (gmx)   nbnxn_excl_t   SetPrecisionUnSupportedFiles (gmx::test)   UpdateGroups (gmx)   
ConvertTprInfo (gmx)   ICommandLineOptionsModule (gmx)   nbnxn_im_ei_t   SetStartTime (gmx)   UpdateGroupsCog (gmx)   
CoordinatesAndBoxPreprocessed (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   nbnxn_sci   SetTimeStep (gmx)   UserInputError (gmx)   
HardwareTopology::Core (gmx)   IdentityFormatter (gmx)   NbnxnPairlistCpu   SettleData (gmx)   
  V  
CpuInfo (gmx)   IExecutableEnvironment (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork   SetVelocities (gmx)   
CrystallographicLabels (gmx)   IFileInputRedirector (gmx)   no_delete (gmx)   SetVelocitySupportedFiles (gmx::test)   VirtualSitesHandler (gmx)   
CubicSplineTable (gmx)   IFileMatcher (gmx::test)   NoContentsMatch (gmx::test)   SetVelocityUnSupportedFiles (gmx::test)   
  W  
  D  
IFileMatcherSettings (gmx::test)   nonbonded_verlet_t   shakedata (gmx)   
IFileOutputRedirector (gmx)   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::Shape (gmx)   WholeMoleculeTransform (gmx)   
DataFileFinder (gmx)   IForceProvider (gmx)   NoOptionalOutput (gmx::test)   Simd4DBool (gmx)   WriteCheckpointDataHolder (gmx)   
DataFileInfo (gmx)   IHelpTopic (gmx)   NormalDistribution (gmx)   Simd4Double (gmx)   
  X  
DataFileOptions (gmx)   IKeyValueTreeTransformRules (gmx)   not_null (gmx::compat)   Simd4FBool (gmx)   
DDBalanceRegionHandler   IListIterator   NoTextMatch (gmx::test)   Simd4Float (gmx)   XvgMatch (gmx::test)   
DefaultInitializationAllocator (gmx)   IListProxy   NotImplementedError (gmx)   SimdDBool (gmx)   
DensityFittingForce (gmx)   IListRange   HardwareTopology::Numa (gmx)   SimdDIBool (gmx)   
DensityFittingModuleInfo (gmx)   ILogTarget (gmx)   HardwareTopology::NumaNode (gmx)   SimdDInt32 (gmx)   
DensitySimilarityMeasure (gmx)   IMDModule (gmx)   NumericalSplineTableInput (gmx)   SimdDInt32Tag (gmx)   
DevelopmentFeatureFlags (gmx)   IMDOutputProvider (gmx)   NumPmeDomains   SimdDouble (gmx)   
HardwareTopology::Device (gmx)   IMdpOptionProvider (gmx)   
  O  
SimdDoubleTag (gmx)   
ObservablesHistory   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X