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  A  
DevelopmentFeatureFlags (gmx)   ILogTarget (gmx)   NormalDistribution (gmx)   Simd4Double (gmx)   
HardwareTopology::Device (gmx)   IMDModule (gmx)   not_null (gmx::compat)   Simd4FBool (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   DeviceInformation   IMDOutputProvider (gmx)   NoTextMatch (gmx::test)   Simd4Float (gmx)   
AbstractAnalysisData (gmx)   DeviceStream   IMdpOptionProvider (gmx)   NotImplementedError (gmx)   SimdDBool (gmx)   
AbstractAverageHistogram (gmx)   DeviceStreamManager (gmx)   InconsistentInputError (gmx)   HardwareTopology::Numa (gmx)   SimdDIBool (gmx)   
AbstractCompositeHelpTopic (gmx)   df_history_t   IndexGroup   HardwareTopology::NumaNode (gmx)   SimdDInt32 (gmx)   
AbstractOption (gmx)   DiagonalMasker (gmx)   InstallationPrefixInfo (gmx)   NumericalSplineTableInput (gmx)   SimdDInt32Tag (gmx)   
AbstractOptionSection (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, DiagonalMaskType::JSizeEqualsISize > (gmx)   Int64Option (gmx)   NumPmeDomains   SimdDouble (gmx)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, DiagonalMaskType::JSizeIsDoubleISize > (gmx)   Int64OptionInfo (gmx)   
  O  
SimdDoubleTag (gmx)   
AbstractOptionStorage (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, DiagonalMaskType::JSizeIsHalfISize > (gmx)   IntegerOption (gmx)   SimdFBool (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   Grid::Dimensions (Nbnxm)   IntegerOptionInfo (gmx)   ObservablesHistory   SimdFIBool (gmx)   
AbstractSimpleHelpTopic (gmx)   DirectoryEnumerator (gmx)   InteractionListHandle   ObservablesReducer (gmx)   SimdFInt32 (gmx)   
accessor_basic (gmx)   DomainDecompositionBuilder (gmx)   InteractionOfType   ObservablesReducerBuilder (gmx)   SimdFInt32Tag (gmx)   
AffineTransformation (gmx)   DomainLifetimeWorkload (gmx)   InteractionsOfType   OpenClTraits (gmx)   SimdFloat (gmx)   
KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom (gmx)   DomdecOptions (gmx)   InteractiveMD (gmx)   OpenClTraits< cl_command_queue > (gmx)   SimdFloatTag (gmx)   
AlignedAllocationPolicy (gmx)   DoubleOption (gmx)   InteractiveTestHelper (gmx::test)   OpenClTraits< cl_context > (gmx)   SimdSetZeroProxy (gmx)   
AlignedArray< double, N > (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   InternalError (gmx)   OpenClTraits< cl_kernel > (gmx)   SimdTraits (gmx::internal)   
AlignedArray< float, N > (gmx)   
  E  
InvalidInputError (gmx)   OpenClTraits< cl_program > (gmx)   SimpleHelpTopic (gmx)   
Allocator (gmx)   IonSwapping (gmx)   OpenClTraitsBase (gmx)   SimulationAlgorithmSetupError (gmx)   
AllocatorTest (gmx::test)   ekinstate_t   IOptionManager (gmx)   OptionInfo (gmx)   SimulationContext (gmx)   
AnalysisArrayData (gmx)   ElementNotFoundError (gmx)   IOptionsBehavior (gmx)   OptionManagerContainer (gmx)   SimulationGroups   
AnalysisData (gmx)   EnergyCalculationFrequencyErrors (gmx)   IOptionsContainer (gmx)   Options (gmx)   SimulationInputHandle   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   EnergyFunctionProperties (Nbnxm)   IOptionsContainerWithSections (gmx)   OptionsAssigner (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   gmx_ga2la_t::Entry   IOutputAdapter (gmx)   OptionsBehaviorCollection (gmx)   SimulationParticle   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   EnumerationArray (gmx)   IProgramContext (gmx)   OptionSection (gmx)   SimulationSignal (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   EnumerationIterator (gmx)   IRestraintPotential (gmx)   OptionSectionHandle (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   EnumerationWrapper (gmx)   ISerializer (gmx)   OptionsIterator (gmx)   SimulationTimeStep (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   EnumOption (gmx)   isIntegralConstant (gmx)   OptionsModifyingIterator (gmx)   SimulationWorkload (gmx)   
AnalysisDataHandle (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   IsSerializableEnum (gmx)   OptionsModifyingTypeVisitor (gmx)   SimulatorBuilder (gmx)   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   EqualCaseInsensitive (gmx)   Range::iterator (gmx)   OptionsModifyingVisitor (gmx)   SimulatorConfig (gmx)   
AnalysisDataModuleManager (gmx)   EwaldBoxZScaler   ITextBlockMatcher (gmx::test)   OptionStorageTemplate (gmx)   SimulatorEnv (gmx)   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   ExactTextMatch (gmx::test)   ITextBlockMatcherSettings (gmx::test)   OptionStorageTemplateSimple (gmx)   SimulatorStateData (gmx)   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   ITopologyProvider (gmx)   OptionsTypeVisitor (gmx)   Site (gmx)   
AnalysisDataParallelOptions (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   
  J  
OptionsVisitor (gmx)   StandardInputStream (gmx)   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   ExclusionBlock (gmx)   OptionTemplate (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   JClusterList   OptionValueConverterSimple (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   ExponentialMovingAverage (gmx)   
  K  
OutputAdapterContainer (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   ExponentialMovingAverageState (gmx)   OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StdioTestHelper (gmx::test)   
AnalysisDataStorage (gmx)   extents (gmx)   KeyValueTreeBuilder (gmx)   OutputRequirements (gmx)   StepWorkload (gmx)   
AnalysisDataStorageFrame (gmx)   extents_analyse< 0 > (gmx::detail)   KeyValueTreeObjectArrayBuilder (gmx)   OutputSelector (gmx)   StopConditionSignal (gmx)   
AnalysisDataTestFixture (gmx::test)   extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreeObjectBuilder (gmx)   OutputSelectorDeathTest (gmx::test)   StopConditionTime (gmx)   
AnalysisDataTestInput (gmx::test)   extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreePath (gmx)   
  P  
StopHandler (gmx)   
AnalysisDataTestInputFrame (gmx::test)   
  F  
KeyValueTreeTransformRuleBuilder (gmx)   StopHandlerBuilder (gmx)   
AnalysisDataTestInputPointSet (gmx::test)   KeyValueTreeTransformRulesScoped (gmx)   HardwareTopology::Package (gmx)   StringCompare (gmx)   
AnalysisDataValue (gmx)   FEPStateValue   KeyValueTreeUniformArrayBuilder (gmx)   PackedJClusterList   StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   FileIOError (gmx)   KeyValueTreeValueBuilder (gmx)   PaddedVector (gmx)   StringInputStream (gmx)   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   FileNameOption (gmx)   
  L  
PaddingTraits (gmx::detail)   StringOption (gmx)   
AnalysisHistogramSettings (gmx)   FileNameOptionInfo (gmx)   PageAlignedAllocationPolicy (gmx)   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   FileNameOptionManager (gmx)   layout_right (gmx)   PairlistSets   StringOutputStream (gmx)   
AnalysisNeighborhood (gmx)   FilteringExactTextMatch (gmx::test)   LegacyEnumOption (gmx)   PairSearch   StringTable   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   FixedCapacityVector (gmx)   LegacyInput (gmx)   PairsearchWork   StringTableBuilder   
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   FlagsTemplate (gmx)   LegacyMdrunOptions (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   StringTableEntry   
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   FlagTest (gmx::test)   LennardJonesCalculator (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   StringTestBase (gmx::test)   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   FloatingPointDifference (gmx::test)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch > (gmx)   UniformIntDistribution::param_type (gmx)   StringToEnumValueConverter (gmx)   
AnalyticalSplineTableInput (gmx)   FloatingPointTolerance (gmx::test)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch > (gmx)   TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   
  T  
Any (gmx)   FloatOption (gmx)   LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   NormalDistribution::param_type (gmx)   
AnyOutputSupportedFiles (gmx::test)   FloatOptionInfo (gmx)   LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   GammaDistribution::param_type (gmx)   t_filenm   
APIError (gmx)   ForceBuffers (gmx)   ListedForces   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   t_mapping   
ArrayRef (gmx)   ForceBuffersView (gmx)   ListOfLists (gmx)   PartialDeserializedTprFile   t_matrix   
ArrayRefWithPadding (gmx)   ForceHelperBuffers   LocalAtomSet (gmx)   PbcAiuc   t_mdatoms   
AtomIterator   ForceOutputs (gmx)   LocalAtomSetManager (gmx)   PdbAtomEntry   t_oriresdata   
AtomPair (gmx)   ForceProviderInput (gmx)   LocalSettleData   PhysicalNodeCommunicator (gmx)   t_pargs   
AtomProperties   ForceProviderOutput (gmx)   LocalTopologyChecker (gmx)   PmeForceSenderGpu (gmx)   t_pbc   
AtomProxy   ForceProviders (gmx)   LogEntryWriter (gmx)   PmeGpuProgram   t_state   
AtomRange   ForceWithShiftForces (gmx)   LoggerBuilder (gmx)   PmePpCommGpu (gmx)   t_symbuf   
AtomsAdjacencyListElement   ForceWithVirial (gmx)   LoggerOwner (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude (gmx)   t_xpmelmt   
Awh (gmx)   ForeignLambdaTerms   LoggerTestHelper (gmx::test)   PotentialPointData (gmx)   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
  B  
  G  
HardwareTopology::LogicalProcessor (gmx)   PpRanks   TestException (gmx::test)   
CpuInfo::LogicalProcessor (gmx)   PreprocessingAtomTypes   TestFileInputRedirector (gmx::test)   
BalanceRegion   GammaDistribution (gmx)   LogLevelHelper (gmx)   PreprocessingBondAtomType   TestFileManager (gmx::test)   
basic_mdspan (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters (gmx)   
  M  
PreprocessResidue   TestFileOutputRedirector (gmx::test)   
BasicVector (gmx)   GaussTransform3D (gmx)   ProcessFrameConversion (gmx)   TestOptionsProvider (gmx::test)   
BenchmarkSystem (gmx)   GlobalCommandLineHelpContext (gmx)   HardwareTopology::Machine (gmx)   HardwareTopology::ProcessingUnit (gmx)   TestReferenceChecker (gmx::test)   
BinaryInformationSettings (gmx)   gmx_ana_index_t   MappedUnionFinder (gmx)   Profiling (gmx)   TestReferenceData (gmx::test)   
BondedInteraction   gmx_ana_indexmap_t   layout_right::mapping (gmx)   PullCoordExpressionParser (gmx)   TextFileMatch (gmx::test)   
BondedInteractionList   gmx_ana_pos_t   MDAtoms (gmx)   
  Q  
TextInputFile (gmx)   
BooleanOption (gmx)   gmx_cache_protect_t   MDLogger (gmx)   TextInputStream (gmx)   
BooleanOptionInfo (gmx)   gmx_domdec_constraints_t   MDModules (gmx)   QMInputFileName (gmx)   TextLineWrapper (gmx)   
BoolType (gmx)   gmx_enerdata_t   MDModulesCheckpointReadingBroadcast (gmx)   QuadraticSplineTable (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
BoxDeformationHandle (gmx)   gmx_ffparams_t   MDModulesCheckpointReadingDataOnMain (gmx)   
  R  
TextOutputFile (gmx)   
BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter...> (gmx)   gmx_ga2la_t   MDModulesEnergyOutputToDensityFittingRequestChecker (gmx)   TextOutputStream (gmx)   
  C  
gmx_localtop_t   MDModulesEnergyOutputToQMMMRequestChecker (gmx)   Range (gmx)   TextReader (gmx)   
gmx_molblock_t   MDModulesNotifier (gmx)   RangeError (gmx)   TextTableFormatter (gmx)   
HardwareTopology::Cache (gmx)   gmx_moltype_t   MDModulesNotifiers (gmx)   RangePartitioning (gmx)   TextWriter (gmx)   
CheckpointData (gmx)   gmx_multisim_t   MDModulesWriteCheckpointData (gmx)   ReadCheckpointDataHolder (gmx)   ThreeFry2x64 (gmx)   
CheckpointError (gmx)   gmx_nodecomm_t   MdRunInputFilename (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   ThreeFry2x64Fast (gmx)   
CheckpointHandler (gmx)   gmx_sparsematrix   Mdrunner (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
CheckpointHeaderContents   GpuHaloExchange (gmx)   MdrunnerBuilder (gmx)   ReplicaExchangeParameters   TimeUnitBehavior (gmx)   
ClfftInitializer (gmx)   GpuRegionTimerImpl   MembedHolder (gmx)   ResetHandler (gmx)   TimeUnitManager (gmx)   
ClHandle (gmx)   GpuRegionTimerWrapper   MessageStringCollector (gmx)   RestraintManager (gmx)   ToleranceError (gmx)   
CommandLine (gmx::test)   GpuTaskAssignments (gmx)   MessageStringContext (gmx)   RestraintMDModule (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject (gmx)   
CommandLineHelpContext (gmx)   GpuTaskAssignmentsBuilder (gmx)   MissingElementConnectionError (gmx)   
  S  
TopologyData (gmx)   
CommandLineHelpWriter (gmx)   GpuTaskMapping (gmx)   ModularSimulator (gmx)   TopologyInformation (gmx)   
CommandLineModuleGroup (gmx)   GromacsException (gmx)   ModularSimulatorError (gmx)   Selection (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue (gmx)   
CommandLineModuleManager (gmx)   GromppMtsOpts (gmx)   ModuleSelection (gmx::test)   SelectionCollection (gmx)   TprAndFileManager (gmx::test)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   
  H  
ModuleTest (gmx::test)   SelectionFileOption (gmx)   TpxFileHeader   
CommandLineParser (gmx)   MoleculeBlockIndices   SelectionFileOptionInfo (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
CommandLineProgramContext (gmx)   HardwareTopology (gmx)   MoleculeInformation   SelectionOption (gmx)   TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
CommandLineTestBase (gmx::test)   HashedMap (gmx)   MoleculePatch   SelectionOptionBehavior (gmx)   TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
CommandLineTestHelper (gmx::test)   HelpLinks (gmx)   MoleculePatchDatabase   SelectionOptionInfo (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
CompositeHelpTopic (gmx)   HelpManager (gmx)   MrcDataStatistics (gmx)   SelectionOptionManager (gmx)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
ConfMatch (gmx::test)   HelpWriterContext (gmx)   MrcDensityMapHeader (gmx)   SelectionPosition (gmx)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
Constraints (gmx)   history_t   MrcDensityMapOfFloatFromFileReader (gmx)   SelectionTopologyProperties (gmx)   TranslateAndScale (gmx)   
ConstraintsParam (gmx)   HostAllocationPolicy (gmx)   MrcDensityMapOfFloatReader (gmx)   SeparatePmeRanksPermitted (gmx)   
  U  
ConvertTprInfo (gmx)   
  I  
MrcDensityMapOfFloatWriter (gmx)   SetAtoms (gmx)   
CoordinatesAndBoxPreprocessed (gmx)   MrcDensitySkewData (gmx)   SetAtomsSupportedFiles (gmx::test)   UniformIntDistribution (gmx)   
HardwareTopology::Core (gmx)   IAnalysisDataModule (gmx)   MtsLevel (gmx)   SetAtomsUnSupportedFiles (gmx::test)   UniformRealDistribution (gmx)   
CoulombCalculator (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork::IClusterData   MultiDimArray (gmx)   SetBox (gmx)   UnionFinder (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical > (gmx)   ICommandLineModule (gmx)   
  N  
SetForces (gmx)   Update (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated > (gmx)   ICommandLineOptionsModule (gmx)   SetForceSupportedFiles (gmx::test)   UpdateGroups (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF > (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   NbnxmKernel   SetForceUnSupportedFiles (gmx::test)   UpdateGroupsCog (gmx)   
CpuInfo (gmx)   IdentityFormatter (gmx)   nbnxn_cj_packed_t   SetPrecision (gmx)   UserInputError (gmx)   
CrystallographicLabels (gmx)   IExecutableEnvironment (gmx)   nbnxn_cj_t   SetPrecisionSupportedFiles (gmx::test)   
  V  
CubicSplineTable (gmx)   IFileInputRedirector (gmx)   nbnxn_cycle_t   SetPrecisionUnSupportedFiles (gmx::test)   
  D  
IFileMatcher (gmx::test)   nbnxn_excl_t   SetStartTime (gmx)   VirtualSitesHandler (gmx)   
IFileMatcherSettings (gmx::test)   nbnxn_im_ei_t   SetTimeStep (gmx)   
  W  
DataFileFinder (gmx)   IFileOutputRedirector (gmx)   nbnxn_sci   SettleData (gmx)   
DataFileInfo (gmx)   IForceProvider (gmx)   NbnxnPairlistCpu   SettleWaterTopology   WarningHandler   
DataFileOptions (gmx)   IFrameConverter (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork   SetVelocities (gmx)   WaterMolecule   
DDBalanceRegionHandler   IHelpTopic (gmx)   no_delete (gmx)   SetVelocitySupportedFiles (gmx::test)   WholeMoleculeTransform (gmx)   
DefaultInitializationAllocator (gmx)   IKeyValueTreeTransformRules (gmx)   NoContentsMatch (gmx::test)   SetVelocityUnSupportedFiles (gmx::test)   WriteCheckpointDataHolder (gmx)   
DensityFittingForce (gmx)   IListIterator   nonbonded_verlet_t   shakedata (gmx)   
  X  
DensityFittingModuleInfo (gmx)   IListProxy   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::Shape (gmx)   
DensitySimilarityMeasure (gmx)   IListRange   NoOptionalOutput (gmx::test)   Simd4DBool (gmx)   XvgMatch (gmx::test)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X