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  A  
DevelopmentFeatureFlags (gmx)   IMDModule (gmx)   NoTextMatch (gmx::test)   SimdDBool (gmx)   
HardwareTopology::Device (gmx)   IMDOutputProvider (gmx)   NotImplementedError (gmx)   SimdDIBool (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   DeviceInformation   IMdpOptionProvider (gmx)   HardwareTopology::Numa (gmx)   SimdDInt32 (gmx)   
AbstractAnalysisData (gmx)   DeviceStream   InconsistentInputError (gmx)   HardwareTopology::NumaNode (gmx)   SimdDInt32Tag (gmx)   
AbstractAverageHistogram (gmx)   DeviceStreamManager (gmx)   IndexGroup   NumericalSplineTableInput (gmx)   SimdDouble (gmx)   
AbstractCompositeHelpTopic (gmx)   df_history_t   InstallationPrefixInfo (gmx)   NumPmeDomains   SimdDoubleTag (gmx)   
AbstractOption (gmx)   DiagonalMasker (gmx)   Int64Option (gmx)   
  O  
SimdFBool (gmx)   
AbstractOptionSection (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, DiagonalMaskType::JSizeEqualsISize > (gmx)   Int64OptionInfo (gmx)   SimdFIBool (gmx)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, DiagonalMaskType::JSizeIsDoubleISize > (gmx)   IntegerOption (gmx)   ObservablesHistory   SimdFInt32 (gmx)   
AbstractOptionStorage (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, DiagonalMaskType::JSizeIsHalfISize > (gmx)   IntegerOptionInfo (gmx)   ObservablesReducer (gmx)   SimdFInt32Tag (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   Grid::Dimensions (Nbnxm)   InteractionListHandle   ObservablesReducerBuilder (gmx)   SimdFloat (gmx)   
AbstractSimpleHelpTopic (gmx)   DirectoryEnumerator (gmx)   InteractionOfType   OpenClTraits (gmx)   SimdFloatTag (gmx)   
accessor_basic (gmx)   DomainDecompositionBuilder (gmx)   InteractionsOfType   OpenClTraits< cl_command_queue > (gmx)   SimdSetZeroProxy (gmx)   
AffineTransformation (gmx)   DomainLifetimeWorkload (gmx)   InteractiveMD (gmx)   OpenClTraits< cl_context > (gmx)   SimdTraits (gmx::internal)   
KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom (gmx)   DomdecOptions (gmx)   InteractiveTestHelper (gmx::test)   OpenClTraits< cl_kernel > (gmx)   SimpleHelpTopic (gmx)   
AlignedAllocationPolicy (gmx)   DoubleOption (gmx)   InternalError (gmx)   OpenClTraits< cl_program > (gmx)   SimulationAlgorithmSetupError (gmx)   
AlignedArray< double, N > (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   InvalidInputError (gmx)   OpenClTraitsBase (gmx)   SimulationContext (gmx)   
AlignedArray< float, N > (gmx)   
  E  
IonSwapping (gmx)   OptionInfo (gmx)   SimulationGroups   
Allocator (gmx)   IOptionManager (gmx)   OptionManagerContainer (gmx)   SimulationInputHandle   
AllocatorTest (gmx::test)   ekinstate_t   IOptionsBehavior (gmx)   Options (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
AmdPackedFloat3   ElementNotFoundError (gmx)   IOptionsContainer (gmx)   OptionsAssigner (gmx)   SimulationParticle   
AnalysisArrayData (gmx)   EnergyCalculationFrequencyErrors (gmx)   IOptionsContainerWithSections (gmx)   OptionsBehaviorCollection (gmx)   SimulationSignal (gmx)   
AnalysisData (gmx)   EnergyFunctionProperties (Nbnxm)   IOutputAdapter (gmx)   OptionSection (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   gmx_ga2la_t::Entry   IProgramContext (gmx)   OptionSectionHandle (gmx)   SimulationTimeStep (gmx)   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   EnumerationArray (gmx)   IRestraintPotential (gmx)   OptionsIterator (gmx)   SimulationWorkload (gmx)   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   EnumerationIterator (gmx)   ISerializer (gmx)   OptionsModifyingIterator (gmx)   SimulatorBuilder (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   EnumerationWrapper (gmx)   isIntegralConstant (gmx)   OptionsModifyingTypeVisitor (gmx)   SimulatorConfig (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   EnumOption (gmx)   IsSerializableEnum (gmx)   OptionsModifyingVisitor (gmx)   SimulatorEnv (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   Range::iterator (gmx)   OptionStorageTemplate (gmx)   SimulatorStateData (gmx)   
AnalysisDataHandle (gmx)   EqualCaseInsensitive (gmx)   ITextBlockMatcher (gmx::test)   OptionStorageTemplateSimple (gmx)   Site (gmx)   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   EwaldBoxZScaler   ITextBlockMatcherSettings (gmx::test)   OptionsTypeVisitor (gmx)   StandardInputStream (gmx)   
AnalysisDataModuleManager (gmx)   ExactTextMatch (gmx::test)   ITopologyProvider (gmx)   OptionsVisitor (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   
  J  
OptionTemplate (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   OptionValueConverterSimple (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataParallelOptions (gmx)   ExclusionBlock (gmx)   JClusterList   OutputAdapterContainer (gmx)   StdioTestHelper (gmx::test)   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   
  K  
OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StepWorkload (gmx)   
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   ExponentialMovingAverage (gmx)   OutputRequirements (gmx)   StopConditionSignal (gmx)   
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   ExponentialMovingAverageState (gmx)   KeyValueTreeBuilder (gmx)   OutputSelector (gmx)   StopConditionTime (gmx)   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   extents (gmx)   KeyValueTreeObjectArrayBuilder (gmx)   OutputSelectorDeathTest (gmx::test)   StopHandler (gmx)   
AnalysisDataStorage (gmx)   extents_analyse< 0 > (gmx::detail)   KeyValueTreeObjectBuilder (gmx)   
  P  
StopHandlerBuilder (gmx)   
AnalysisDataStorageFrame (gmx)   extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreePath (gmx)   StringCompare (gmx)   
AnalysisDataTestFixture (gmx::test)   extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder (gmx)   HardwareTopology::Package (gmx)   StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataTestInput (gmx::test)   
  F  
KeyValueTreeTransformRulesScoped (gmx)   PackedJClusterList   StringInputStream (gmx)   
AnalysisDataTestInputFrame (gmx::test)   KeyValueTreeUniformArrayBuilder (gmx)   PaddedVector (gmx)   StringOption (gmx)   
AnalysisDataTestInputPointSet (gmx::test)   FEPStateValue   KeyValueTreeValueBuilder (gmx)   PaddingTraits (gmx::detail)   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisDataValue (gmx)   FileIOError (gmx)   
  L  
PageAlignedAllocationPolicy (gmx)   StringOutputStream (gmx)   
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   FileNameOption (gmx)   PairlistSets   StringTable   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   FileNameOptionInfo (gmx)   layout_right (gmx)   PairSearch   StringTableBuilder   
AnalysisHistogramSettings (gmx)   FileNameOptionManager (gmx)   LegacyEnumOption (gmx)   PairsearchWork   StringTableEntry   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   FilteringExactTextMatch (gmx::test)   LegacyInput (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   StringTestBase (gmx::test)   
AnalysisNeighborhood (gmx)   FixedCapacityVector (gmx)   LegacyMdrunOptions (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   StringToEnumValueConverter (gmx)   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   FlagsTemplate (gmx)   LennardJonesCalculator (gmx)   UniformIntDistribution::param_type (gmx)   
  T  
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   FlagTest (gmx::test)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch > (gmx)   TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   FloatingPointDifference (gmx::test)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch > (gmx)   NormalDistribution::param_type (gmx)   t_filenm   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   FloatingPointTolerance (gmx::test)   LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   GammaDistribution::param_type (gmx)   t_mapping   
AnalyticalSplineTableInput (gmx)   FloatOption (gmx)   LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   t_matrix   
Any (gmx)   FloatOptionInfo (gmx)   ListedForces   PartialDeserializedTprFile   t_mdatoms   
AnyOutputSupportedFiles (gmx::test)   ForceBuffers (gmx)   ListOfLists (gmx)   PbcAiuc   t_oriresdata   
APIError (gmx)   ForceBuffersView (gmx)   LocalAtomSet (gmx)   PdbAtomEntry   t_pargs   
ArrayRef (gmx)   ForceHelperBuffers   LocalAtomSetManager (gmx)   PhysicalNodeCommunicator (gmx)   t_pbc   
ArrayRefWithPadding (gmx)   ForceOutputs (gmx)   LocalSettleData   PmeForceSenderGpu (gmx)   t_state   
AtomIterator   ForceProviderInput (gmx)   LocalTopologyChecker (gmx)   PmeGpuProgram   t_symbuf   
AtomPair (gmx)   ForceProviderOutput (gmx)   LogEntryWriter (gmx)   PmePpCommGpu (gmx)   t_xpmelmt   
AtomProperties   ForceProviders (gmx)   LoggerBuilder (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude (gmx)   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
AtomProxy   ForceWithShiftForces (gmx)   LoggerOwner (gmx)   PotentialPointData (gmx)   TestException (gmx::test)   
AtomRange   ForceWithVirial (gmx)   LoggerTestHelper (gmx::test)   PpRanks   TestFileInputRedirector (gmx::test)   
AtomsAdjacencyListElement   ForeignLambdaTerms   HardwareTopology::LogicalProcessor (gmx)   PreprocessingAtomTypes   TestFileManager (gmx::test)   
Awh (gmx)   
  G  
CpuInfo::LogicalProcessor (gmx)   PreprocessingBondAtomType   TestFileOutputRedirector (gmx::test)   
  B  
LogLevelHelper (gmx)   PreprocessResidue   TestOptionsProvider (gmx::test)   
GammaDistribution (gmx)   
  M  
ProcessFrameConversion (gmx)   TestReferenceChecker (gmx::test)   
BalanceRegion   GaussianSpreadKernelParameters (gmx)   HardwareTopology::ProcessingUnit (gmx)   TestReferenceData (gmx::test)   
basic_mdspan (gmx)   GaussTransform3D (gmx)   HardwareTopology::Machine (gmx)   Profiling (gmx)   TextFileMatch (gmx::test)   
BasicVector (gmx)   GlobalCommandLineHelpContext (gmx)   MappedUnionFinder (gmx)   PullCoordExpressionParser (gmx)   TextInputFile (gmx)   
BenchmarkSystem (gmx)   gmx_ana_index_t   layout_right::mapping (gmx)   
  Q  
TextInputStream (gmx)   
BinaryInformationSettings (gmx)   gmx_ana_indexmap_t   MDAtoms (gmx)   TextLineWrapper (gmx)   
BondedInteraction   gmx_ana_pos_t   MDLogger (gmx)   QMInputFileName (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
BondedInteractionList   gmx_cache_protect_t   MDModules (gmx)   QuadraticSplineTable (gmx)   TextOutputFile (gmx)   
BooleanOption (gmx)   gmx_domdec_constraints_t   MDModulesCheckpointReadingBroadcast (gmx)   
  R  
TextOutputStream (gmx)   
BooleanOptionInfo (gmx)   gmx_enerdata_t   MDModulesCheckpointReadingDataOnMain (gmx)   TextReader (gmx)   
BoolType (gmx)   gmx_ffparams_t   MDModulesEnergyOutputToDensityFittingRequestChecker (gmx)   Range (gmx)   TextTableFormatter (gmx)   
BoxDeformationHandle (gmx)   gmx_ga2la_t   MDModulesEnergyOutputToQMMMRequestChecker (gmx)   RangeError (gmx)   TextWriter (gmx)   
BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter...> (gmx)   gmx_localtop_t   MDModulesNotifier (gmx)   RangePartitioning (gmx)   ThreeFry2x64 (gmx)   
  C  
gmx_molblock_t   MDModulesNotifiers (gmx)   ReadCheckpointDataHolder (gmx)   ThreeFry2x64Fast (gmx)   
gmx_moltype_t   MDModulesWriteCheckpointData (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
HardwareTopology::Cache (gmx)   gmx_multisim_t   MdRunInputFilename (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   TimeUnitBehavior (gmx)   
CheckpointData (gmx)   gmx_nodecomm_t   Mdrunner (gmx)   ReplicaExchangeParameters   TimeUnitManager (gmx)   
CheckpointError (gmx)   gmx_sparsematrix   MdrunnerBuilder (gmx)   ResetHandler (gmx)   ToleranceError (gmx)   
CheckpointHandler (gmx)   GpuHaloExchange (gmx)   MembedHolder (gmx)   RestraintManager (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject (gmx)   
CheckpointHeaderContents   GpuRegionTimerImpl   MessageStringCollector (gmx)   RestraintMDModule (gmx)   TopologyData (gmx)   
ClfftInitializer (gmx)   GpuRegionTimerWrapper   MessageStringContext (gmx)   
  S  
TopologyInformation (gmx)   
ClHandle (gmx)   GpuTaskAssignments (gmx)   MissingElementConnectionError (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue (gmx)   
CommandLine (gmx::test)   GpuTaskAssignmentsBuilder (gmx)   ModularSimulator (gmx)   Selection (gmx)   TprAndFileManager (gmx::test)   
CommandLineHelpContext (gmx)   GpuTaskMapping (gmx)   ModularSimulatorError (gmx)   SelectionCollection (gmx)   TpxFileHeader   
CommandLineHelpWriter (gmx)   GromacsException (gmx)   ModuleSelection (gmx::test)   SelectionFileOption (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
CommandLineModuleGroup (gmx)   GromppMtsOpts (gmx)   ModuleTest (gmx::test)   SelectionFileOptionInfo (gmx)   TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
CommandLineModuleManager (gmx)   
  H  
MoleculeBlockIndices   SelectionOption (gmx)   TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   MoleculeInformation   SelectionOptionBehavior (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
CommandLineParser (gmx)   HardwareTopology (gmx)   MoleculePatch   SelectionOptionInfo (gmx)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
CommandLineProgramContext (gmx)   HashedMap (gmx)   MoleculePatchDatabase   SelectionOptionManager (gmx)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
CommandLineTestBase (gmx::test)   HelpLinks (gmx)   MrcDataStatistics (gmx)   SelectionPosition (gmx)   TranslateAndScale (gmx)   
CommandLineTestHelper (gmx::test)   HelpManager (gmx)   MrcDensityMapHeader (gmx)   SelectionTopologyProperties (gmx)   
  U  
CompositeHelpTopic (gmx)   HelpWriterContext (gmx)   MrcDensityMapOfFloatFromFileReader (gmx)   SeparatePmeRanksPermitted (gmx)   
ConfMatch (gmx::test)   history_t   MrcDensityMapOfFloatReader (gmx)   SetAtoms (gmx)   UniformIntDistribution (gmx)   
Constraints (gmx)   HostAllocationPolicy (gmx)   MrcDensityMapOfFloatWriter (gmx)   SetAtomsSupportedFiles (gmx::test)   UniformRealDistribution (gmx)   
ConstraintsParam (gmx)   
  I  
MrcDensitySkewData (gmx)   SetAtomsUnSupportedFiles (gmx::test)   UnionFinder (gmx)   
ConvertTprInfo (gmx)   MtsLevel (gmx)   SetBox (gmx)   Update (gmx)   
CoordinatesAndBoxPreprocessed (gmx)   IAnalysisDataModule (gmx)   MultiDimArray (gmx)   SetForces (gmx)   UpdateGroups (gmx)   
HardwareTopology::Core (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork::IClusterData   
  N  
SetForceSupportedFiles (gmx::test)   UpdateGroupsCog (gmx)   
CoulombCalculator (gmx)   ICommandLineModule (gmx)   SetForceUnSupportedFiles (gmx::test)   UserInputError (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical > (gmx)   ICommandLineOptionsModule (gmx)   NbnxmKernel   SetPrecision (gmx)   
  V  
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated > (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   nbnxn_cj_packed_t   SetPrecisionSupportedFiles (gmx::test)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF > (gmx)   IdentityFormatter (gmx)   nbnxn_cj_t   SetPrecisionUnSupportedFiles (gmx::test)   VirtualSitesHandler (gmx)   
CpuInfo (gmx)   IExecutableEnvironment (gmx)   nbnxn_cycle_t   SetStartTime (gmx)   
  W  
CrystallographicLabels (gmx)   IFileInputRedirector (gmx)   nbnxn_excl_t   SetTimeStep (gmx)   
CubicSplineTable (gmx)   IFileMatcher (gmx::test)   nbnxn_im_ei_t   SettleData (gmx)   WarningHandler   
  D  
IFileMatcherSettings (gmx::test)   nbnxn_sci   SettleWaterTopology   WaterMolecule   
IFileOutputRedirector (gmx)   NbnxnPairlistCpu   SetVelocities (gmx)   WholeMoleculeTransform (gmx)   
DataFileFinder (gmx)   IForceProvider (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork   SetVelocitySupportedFiles (gmx::test)   WriteCheckpointDataHolder (gmx)   
DataFileInfo (gmx)   IFrameConverter (gmx)   no_delete (gmx)   SetVelocityUnSupportedFiles (gmx::test)   
  X  
DataFileOptions (gmx)   IHelpTopic (gmx)   NoContentsMatch (gmx::test)   shakedata (gmx)   
DDBalanceRegionHandler   IKeyValueTreeTransformRules (gmx)   nonbonded_verlet_t   GaussianSpreadKernelParameters::Shape (gmx)   XvgMatch (gmx::test)   
DefaultInitializationAllocator (gmx)   IListIterator   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   Simd4DBool (gmx)   
DensityFittingForce (gmx)   IListProxy   NoOptionalOutput (gmx::test)   Simd4Double (gmx)   
DensityFittingModuleInfo (gmx)   IListRange   NormalDistribution (gmx)   Simd4FBool (gmx)   
DensitySimilarityMeasure (gmx)   ILogTarget (gmx)   not_null (gmx::compat)   Simd4Float (gmx)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X