Gromacs  2024.2
 All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Macros Groups Pages
Class Index
A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X
  A  
DeviceInformation   IListRange   not_null (gmx::compat)   SimdDIBool (gmx)   
DeviceStream   ILogTarget (gmx)   NoTextMatch (gmx::test)   SimdDInt32 (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   DeviceStreamManager (gmx)   IMDModule (gmx)   NotImplementedError (gmx)   SimdDInt32Tag (gmx)   
AbstractAnalysisData (gmx)   df_history_t   IMDOutputProvider (gmx)   HardwareTopology::Numa (gmx)   SimdDouble (gmx)   
AbstractAverageHistogram (gmx)   DiagonalMasker (gmx)   IMdpOptionProvider (gmx)   HardwareTopology::NumaNode (gmx)   SimdDoubleTag (gmx)   
AbstractCompositeHelpTopic (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize > (gmx)   InconsistentInputError (gmx)   NumericalSplineTableInput (gmx)   SimdFBool (gmx)   
AbstractOption (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize > (gmx)   IndexGroup   NumPmeDomains   SimdFIBool (gmx)   
AbstractOptionSection (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize > (gmx)   InstallationPrefixInfo (gmx)   
  O  
SimdFInt32 (gmx)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   Grid::Dimensions (Nbnxm)   Int64Option (gmx)   SimdFInt32Tag (gmx)   
AbstractOptionStorage (gmx)   DirectoryEnumerator (gmx)   Int64OptionInfo (gmx)   ObservablesHistory   SimdFloat (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   DomainDecompositionBuilder (gmx)   IntegerOption (gmx)   ObservablesReducer (gmx)   SimdFloatTag (gmx)   
AbstractSimpleHelpTopic (gmx)   DomainLifetimeWorkload (gmx)   IntegerOptionInfo (gmx)   ObservablesReducerBuilder (gmx)   SimdSetZeroProxy (gmx)   
accessor_basic (gmx)   DomdecOptions (gmx)   InteractionListHandle   OpenClTraits (gmx)   SimdTraits (gmx::internal)   
AffineTransformation (gmx)   DoubleOption (gmx)   InteractionOfType   OpenClTraits< cl_command_queue > (gmx)   SimpleHelpTopic (gmx)   
KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   InteractionsOfType   OpenClTraits< cl_context > (gmx)   SimulationAlgorithmSetupError (gmx)   
AlignedAllocationPolicy (gmx)   
  E  
InteractiveMD (gmx)   OpenClTraits< cl_kernel > (gmx)   SimulationContext (gmx)   
AlignedArray< double, N > (gmx)   InteractiveTestHelper (gmx::test)   OpenClTraits< cl_program > (gmx)   SimulationGroups   
AlignedArray< float, N > (gmx)   EdrOutputFilename (gmx)   InternalError (gmx)   OpenClTraitsBase (gmx)   SimulationInputHandle   
Allocator (gmx)   ekinstate_t   InvalidInputError (gmx)   OptionInfo (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
AllocatorTest (gmx::test)   ElementNotFoundError (gmx)   IonSwapping (gmx)   OptionManagerContainer (gmx)   SimulationParticle   
AmdPackedFloat3   EnergyAnalysisFrame (gmx)   IOptionManager (gmx)   Options (gmx)   SimulationSignal (gmx)   
AnalysisArrayData (gmx)   EnergyCalculationFrequencyErrors (gmx)   IOptionsBehavior (gmx)   OptionsAssigner (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AnalysisData (gmx)   EnergyFunctionProperties (Nbnxm)   IOptionsContainer (gmx)   OptionsBehaviorCollection (gmx)   SimulationTimeStep (gmx)   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   EnergyNameUnit (gmx)   IOptionsContainerWithSections (gmx)   OptionSection (gmx)   SimulationWorkload (gmx)   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   EnergyTerm (gmx)   IOutputAdapter (gmx)   OptionSectionHandle (gmx)   SimulatorBuilder (gmx)   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   EnsembleTemperature (gmx)   IProgramContext (gmx)   OptionsIterator (gmx)   SimulatorConfig (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   gmx_ga2la_t::Entry   IRestraintPotential (gmx)   OptionsModifyingIterator (gmx)   SimulatorEnv (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   EnumerationArray (gmx)   ISerializer (gmx)   OptionsModifyingTypeVisitor (gmx)   SimulatorStateData (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   EnumerationIterator (gmx)   isIntegralConstant (gmx)   OptionsModifyingVisitor (gmx)   Site (gmx)   
AnalysisDataHandle (gmx)   EnumerationWrapper (gmx)   IsSerializableEnum (gmx)   OptionStorageTemplate (gmx)   StandardInputStream (gmx)   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   EnumOption (gmx)   Range::iterator (gmx)   OptionStorageTemplateSimple (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataModuleManager (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   ITextBlockMatcher (gmx::test)   OptionsTypeVisitor (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   EqualCaseInsensitive (gmx)   ITextBlockMatcherSettings (gmx::test)   OptionsVisitor (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   EwaldBoxZScaler   ITopologyProvider (gmx)   OptionTemplate (gmx)   StdioTestHelper (gmx::test)   
AnalysisDataParallelOptions (gmx)   ExactTextMatch (gmx::test)   
  J  
OptionValueConverterSimple (gmx)   StepWorkload (gmx)   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   OutputAdapterContainer (gmx)   StopConditionSignal (gmx)   
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   JClusterList   OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StopConditionTime (gmx)   
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   ExclusionBlock (gmx)   
  K  
OutputRequirements (gmx)   StopHandler (gmx)   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   OutputSelector (gmx)   StopHandlerBuilder (gmx)   
AnalysisDataStorage (gmx)   ExponentialMovingAverage (gmx)   KeyValueTreeBuilder (gmx)   OutputSelectorDeathTest (gmx::test)   StringCompare (gmx)   
AnalysisDataStorageFrame (gmx)   ExponentialMovingAverageState (gmx)   KeyValueTreeObjectArrayBuilder (gmx)   
  P  
StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataTestFixture (gmx::test)   extents (gmx)   KeyValueTreeObjectBuilder (gmx)   StringInputStream (gmx)   
AnalysisDataTestInput (gmx::test)   extents_analyse< 0 > (gmx::detail)   KeyValueTreePath (gmx)   HardwareTopology::Package (gmx)   StringOption (gmx)   
AnalysisDataTestInputFrame (gmx::test)   extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder (gmx)   PackedJClusterList   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisDataTestInputPointSet (gmx::test)   extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> (gmx::detail)   KeyValueTreeTransformRulesScoped (gmx)   PaddedVector (gmx)   StringOutputStream (gmx)   
AnalysisDataValue (gmx)   
  F  
KeyValueTreeUniformArrayBuilder (gmx)   PaddingTraits (gmx::detail)   StringTable   
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   KeyValueTreeValueBuilder (gmx)   PageAlignedAllocationPolicy (gmx)   StringTableBuilder   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   FEPStateValue   
  L  
PairlistSets   StringTableEntry   
AnalysisHistogramSettings (gmx)   FileIOError (gmx)   PairSearch   StringTestBase (gmx::test)   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   FileNameOption (gmx)   layout_right (gmx)   PairsearchWork   StringToEnumValueConverter (gmx)   
AnalysisNeighborhood (gmx)   FileNameOptionInfo (gmx)   LegacyEnumOption (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   SystemMomenta   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   FileNameOptionManager (gmx)   LegacyInput (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   SystemMomentum   
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   FilteringExactTextMatch (gmx::test)   LegacyMdrunOptions (gmx)   UniformIntDistribution::param_type (gmx)   
  T  
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   FixedCapacityVector (gmx)   LennardJonesCalculator (gmx)   TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   FlagsTemplate (gmx)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch > (gmx)   NormalDistribution::param_type (gmx)   t_filenm   
AnalyticalSplineTableInput (gmx)   FlagTest (gmx::test)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch > (gmx)   GammaDistribution::param_type (gmx)   t_mapping   
Any (gmx)   FloatingPointDifference (gmx::test)   LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   t_matrix   
AnyOutputSupportedFiles (gmx::test)   FloatingPointTolerance (gmx::test)   LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   PartialDeserializedTprFile   t_mdatoms   
APIError (gmx)   FloatOption (gmx)   ListedForces   PbcAiuc   t_oriresdata   
ArrayRef (gmx)   FloatOptionInfo (gmx)   ListOfLists (gmx)   PdbAtomEntry   t_pargs   
ArrayRefWithPadding (gmx)   ForceBuffers (gmx)   LocalAtomSet (gmx)   PhysicalNodeCommunicator (gmx)   t_pbc   
AtomIterator   ForceBuffersView (gmx)   LocalAtomSetManager (gmx)   PmeForceSenderGpu (gmx)   t_state   
AtomPair (gmx)   ForceHelperBuffers   LocalSettleData   PmeGpuProgram   t_symbuf   
AtomProperties   ForceOutputs (gmx)   LocalTopologyChecker (gmx)   PmePpCommGpu (gmx)   t_xpmelmt   
AtomProxy   ForceProviderInput (gmx)   LogEntryWriter (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude (gmx)   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
AtomRange   ForceProviderOutput (gmx)   LoggerBuilder (gmx)   PotentialPointData (gmx)   TestException (gmx::test)   
AtomsAdjacencyListElement   ForceProviders (gmx)   LoggerOwner (gmx)   PpRanks   TestFileInputRedirector (gmx::test)   
Awh (gmx)   ForceWithShiftForces (gmx)   LoggerTestHelper (gmx::test)   PreprocessingAtomTypes   TestFileManager (gmx::test)   
  B  
ForceWithVirial (gmx)   HardwareTopology::LogicalProcessor (gmx)   PreprocessingBondAtomType   TestFileOutputRedirector (gmx::test)   
ForeignLambdaTerms   CpuInfo::LogicalProcessor (gmx)   PreprocessResidue   TestOptionsProvider (gmx::test)   
BalanceRegion   
  G  
LogLevelHelper (gmx)   ProcessFrameConversion (gmx)   TestReferenceChecker (gmx::test)   
basic_mdspan (gmx)   
  M  
HardwareTopology::ProcessingUnit (gmx)   TestReferenceData (gmx::test)   
BasicVector (gmx)   GammaDistribution (gmx)   Profiling (gmx)   TextFileMatch (gmx::test)   
BenchmarkSystem (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters (gmx)   HardwareTopology::Machine (gmx)   PullCoordExpressionParser (gmx)   TextInputFile (gmx)   
BinaryInformationSettings (gmx)   GaussTransform3D (gmx)   MappedUnionFinder (gmx)   
  Q  
TextInputStream (gmx)   
BondedInteraction   GlobalCommandLineHelpContext (gmx)   layout_right::mapping (gmx)   TextLineWrapper (gmx)   
BondedInteractionList   gmx_ana_index_t   MDAtoms (gmx)   QMInputFileName (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
BooleanOption (gmx)   gmx_ana_indexmap_t   MDLogger (gmx)   QuadraticSplineTable (gmx)   TextOutputFile (gmx)   
BooleanOptionInfo (gmx)   gmx_ana_pos_t   MDModules (gmx)   
  R  
TextOutputStream (gmx)   
BoolType (gmx)   gmx_cache_protect_t   MDModulesAtomsRedistributedSignal (gmx)   TextReader (gmx)   
BoxDeformationHandle (gmx)   gmx_domdec_constraints_t   MDModulesCheckpointReadingBroadcast (gmx)   Range (gmx)   TextTableFormatter (gmx)   
BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter...> (gmx)   gmx_enerdata_t   MDModulesCheckpointReadingDataOnMain (gmx)   RangeError (gmx)   TextWriter (gmx)   
  C  
gmx_ffparams_t   MDModulesEnergyOutputToDensityFittingRequestChecker (gmx)   RangePartitioning (gmx)   ThreeFry2x64 (gmx)   
gmx_ga2la_t   MDModulesEnergyOutputToQMMMRequestChecker (gmx)   ReadCheckpointDataHolder (gmx)   ThreeFry2x64Fast (gmx)   
HardwareTopology::Cache (gmx)   gmx_localtop_t   MDModulesNotifier (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
CheckpointData (gmx)   gmx_molblock_t   MDModulesNotifiers (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   TimeUnitBehavior (gmx)   
CheckpointError (gmx)   gmx_moltype_t   MDModulesWriteCheckpointData (gmx)   ReplicaExchangeParameters   TimeUnitManager (gmx)   
CheckpointHandler (gmx)   gmx_multisim_t   MdRunInputFilename (gmx)   ResetHandler (gmx)   ToleranceError (gmx)   
CheckpointHeaderContents   gmx_nodecomm_t   Mdrunner (gmx)   RestraintManager (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject (gmx)   
ClfftInitializer (gmx)   gmx_sparsematrix   MdrunnerBuilder (gmx)   RestraintMDModule (gmx)   TopologyData (gmx)   
ClHandle (gmx)   GpuHaloExchange (gmx)   MembedHolder (gmx)   
  S  
TopologyInformation (gmx)   
CommandLine (gmx::test)   GpuRegionTimerImpl   MessageStringCollector (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue (gmx)   
CommandLineHelpContext (gmx)   GpuRegionTimerWrapper   MessageStringContext (gmx)   Selection (gmx)   TprAndFileManager (gmx::test)   
CommandLineHelpWriter (gmx)   GpuTaskAssignments (gmx)   MissingElementConnectionError (gmx)   SelectionCollection (gmx)   TpxFileHeader   
CommandLineModuleGroup (gmx)   GpuTaskAssignmentsBuilder (gmx)   ModularSimulator (gmx)   SelectionFileOption (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
CommandLineModuleManager (gmx)   GpuTaskMapping (gmx)   ModularSimulatorError (gmx)   SelectionFileOptionInfo (gmx)   TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   GromacsException (gmx)   ModuleSelection (gmx::test)   SelectionOption (gmx)   TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
CommandLineParser (gmx)   GromppMtsOpts (gmx)   ModuleTest (gmx::test)   SelectionOptionBehavior (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
CommandLineProgramContext (gmx)   
  H  
MoleculeBlockIndices   SelectionOptionInfo (gmx)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
CommandLineTestBase (gmx::test)   MoleculeInformation   SelectionOptionManager (gmx)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
CommandLineTestHelper (gmx::test)   HardwareTopology (gmx)   MoleculePatch   SelectionPosition (gmx)   TranslateAndScale (gmx)   
CompositeHelpTopic (gmx)   HashedMap (gmx)   MoleculePatchDatabase   SelectionTopologyProperties (gmx)   
  U  
ConfMatch (gmx::test)   HelpLinks (gmx)   MrcDataStatistics (gmx)   SeparatePmeRanksPermitted (gmx)   
Constraints (gmx)   HelpManager (gmx)   MrcDensityMapHeader (gmx)   SetAtoms (gmx)   UniformIntDistribution (gmx)   
ConstraintsParam (gmx)   HelpWriterContext (gmx)   MrcDensityMapOfFloatFromFileReader (gmx)   SetAtomsSupportedFiles (gmx::test)   UniformRealDistribution (gmx)   
ConvertTprInfo (gmx)   history_t   MrcDensityMapOfFloatReader (gmx)   SetAtomsUnSupportedFiles (gmx::test)   UnionFinder (gmx)   
CoordinatesAndBoxPreprocessed (gmx)   HostAllocationPolicy (gmx)   MrcDensityMapOfFloatWriter (gmx)   SetBox (gmx)   Update (gmx)   
HardwareTopology::Core (gmx)   
  I  
MrcDensitySkewData (gmx)   SetForces (gmx)   UpdateGroups (gmx)   
CoulombCalculator (gmx)   MtsLevel (gmx)   SetForceSupportedFiles (gmx::test)   UpdateGroupsCog (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical > (gmx)   IAnalysisDataModule (gmx)   MultiDimArray (gmx)   SetForceUnSupportedFiles (gmx::test)   UserInputError (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated > (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork::IClusterData   
  N  
SetPrecision (gmx)   
  V  
CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF > (gmx)   ICommandLineModule (gmx)   SetPrecisionSupportedFiles (gmx::test)   
CpuInfo (gmx)   ICommandLineOptionsModule (gmx)   NbnxmKernel   SetPrecisionUnSupportedFiles (gmx::test)   VirtualSitesHandler (gmx)   
CrystallographicLabels (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   nbnxn_cj_packed_t   SetStartTime (gmx)   
  W  
CubicSplineTable (gmx)   IdentityFormatter (gmx)   nbnxn_cj_t   SetTimeStep (gmx)   
  D  
IEnergyAnalysis (gmx)   nbnxn_cycle_t   SettleData (gmx)   wallcc_t   
IExecutableEnvironment (gmx)   nbnxn_excl_t   SettleWaterTopology   WarningHandler   
DataFileFinder (gmx)   IFileInputRedirector (gmx)   nbnxn_im_ei_t   SetVelocities (gmx)   WaterMolecule   
DataFileInfo (gmx)   IFileMatcher (gmx::test)   nbnxn_sci   SetVelocitySupportedFiles (gmx::test)   WholeMoleculeTransform (gmx)   
DataFileOptions (gmx)   IFileMatcherSettings (gmx::test)   NbnxnPairlistCpu   SetVelocityUnSupportedFiles (gmx::test)   WriteCheckpointDataHolder (gmx)   
DDBalanceRegionHandler   IFileOutputRedirector (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork   shakedata (gmx)   
  X  
DefaultInitializationAllocator (gmx)   IForceProvider (gmx)   no_delete (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::Shape (gmx)   
DensityFittingForce (gmx)   IFrameConverter (gmx)   NoContentsMatch (gmx::test)   Simd4DBool (gmx)   XvgMatch (gmx::test)   
DensityFittingModuleInfo (gmx)   IHelpTopic (gmx)   nonbonded_verlet_t   Simd4Double (gmx)   
DensitySimilarityMeasure (gmx)   IKeyValueTreeTransformRules (gmx)   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   Simd4FBool (gmx)   
DevelopmentFeatureFlags (gmx)   IListIterator   NoOptionalOutput (gmx::test)   Simd4Float (gmx)   
HardwareTopology::Device (gmx)   IListProxy   NormalDistribution (gmx)   SimdDBool (gmx)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X