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Class Index
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  A  
DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize > (gmx)   IListIterator   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   Simd4FBool (gmx)   
DirectoryEnumerator (gmx)   IListProxy   NoOptionalOutput (gmx::test)   Simd4Float (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   DomainCommBackward (gmx)   IListRange   NormalDistribution (gmx)   SimdDBool (gmx)   
AbstractAnalysisData (gmx)   DomainCommForward (gmx)   ILogTarget (gmx)   not_null (gmx::compat)   SimdDIBool (gmx)   
AbstractAverageHistogram (gmx)   DomainDecompositionBuilder (gmx)   IMDModule (gmx)   NoTextMatch (gmx::test)   SimdDInt32 (gmx)   
AbstractCompositeHelpTopic (gmx)   DomainLifetimeWorkload (gmx)   IMDOutputProvider (gmx)   NotImplementedError (gmx)   SimdDInt32Tag (gmx)   
AbstractOption (gmx)   DomainPairComm (gmx)   IMdpOptionProvider (gmx)   HardwareTopology::Numa (gmx)   SimdDouble (gmx)   
AbstractOptionSection (gmx)   DomdecOptions (gmx)   InconsistentInputError (gmx)   HardwareTopology::NumaNode (gmx)   SimdDoubleTag (gmx)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   DoubleOption (gmx)   IndexGroup   NumericalSplineTableInput (gmx)   SimdFBool (gmx)   
AbstractOptionStorage (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   INNPotModel (gmx)   NumPmeDomains   SimdFIBool (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   
  E  
InstallationPrefixInfo (gmx)   
  O  
SimdFInt32 (gmx)   
AbstractSimpleHelpTopic (gmx)   Int64Option (gmx)   SimdFInt32Tag (gmx)   
accessor_basic (gmx)   EdrOutputFilename (gmx)   Int64OptionInfo (gmx)   ObservablesHistory   SimdFloat (gmx)   
AffineTransformation (gmx)   ekinstate_t   IntegerOption (gmx)   ObservablesReducer (gmx)   SimdFloatTag (gmx)   
KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom (gmx)   ElementNotFoundError (gmx)   IntegerOptionInfo (gmx)   ObservablesReducerBuilder (gmx)   SimdSetZeroProxy (gmx)   
AlignedAllocationPolicy (gmx)   EnergyAccumulator (gmx)   InteractionDefinitions   OpenClTraits (gmx)   SimdTraits (gmx::internal)   
AlignedArray< double, N > (gmx)   EnergyAccumulator< false, true > (gmx)   InteractionList   OpenClTraits< cl_command_queue > (gmx)   SimpleHelpTopic (gmx)   
AlignedArray< float, N > (gmx)   EnergyAccumulator< true, true > (gmx)   InteractionListHandle   OpenClTraits< cl_context > (gmx)   SimulationAlgorithmSetupError (gmx)   
Allocator (gmx)   EnergyAccumulator< useEnergyGroups, false > (gmx)   InteractionOfType   OpenClTraits< cl_kernel > (gmx)   SimulationContext (gmx)   
AllocatorTest (gmx::test)   EnergyAnalysisFrame (gmx)   InteractionsOfType   OpenClTraits< cl_program > (gmx)   SimulationGroups   
AnalysisArrayData (gmx)   EnergyCalculationFrequencyErrors (gmx)   InteractiveMD (gmx)   OpenClTraitsBase (gmx)   SimulationInputHandle   
AnalysisData (gmx)   EnergyFunctionProperties (gmx)   InteractiveTestHelper (gmx::test)   OptionInfo (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   EnergyGroupsPerCluster (gmx)   InternalError (gmx)   OptionManagerContainer (gmx)   SimulationParticle   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   EnergyNameUnit (gmx)   InvalidInputError (gmx)   Options (gmx)   SimulationSignal (gmx)   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   EnergyTerm (gmx)   IonSwapping (gmx)   OptionsAssigner (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   EnsembleTemperature (gmx)   IOptionManager (gmx)   OptionsBehaviorCollection (gmx)   SimulationTimeStep (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   gmx_ga2la_t::Entry   IOptionsBehavior (gmx)   OptionSection (gmx)   SimulationWorkload (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   EnumClassSuitsEnumerationArray (gmx)   IOptionsContainer (gmx)   OptionSectionHandle (gmx)   SimulatorBuilder (gmx)   
AnalysisDataHandle (gmx)   EnumerationArray (gmx)   IOptionsContainerWithSections (gmx)   OptionsIterator (gmx)   SimulatorConfig (gmx)   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   EnumerationIterator (gmx)   IOutputAdapter (gmx)   OptionsModifyingIterator (gmx)   SimulatorEnv (gmx)   
AnalysisDataModuleManager (gmx)   EnumerationWrapper (gmx)   IProgramContext (gmx)   OptionsModifyingTypeVisitor (gmx)   SimulatorStateData (gmx)   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   EnumOption (gmx)   IRestraintPotential (gmx)   OptionsModifyingVisitor (gmx)   Site (gmx)   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   ISerializer (gmx)   OptionStorageTemplate (gmx)   StandardInputStream (gmx)   
AnalysisDataParallelOptions (gmx)   EqualCaseInsensitive (gmx)   isIntegralConstant (gmx)   OptionStorageTemplateSimple (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   EwaldBoxZScaler   IsSerializableEnum (gmx)   OptionsTypeVisitor (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   ExactTextMatch (gmx::test)   IsTuple (gmx::test::detail)   OptionsVisitor (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   IsTuple< std::tuple< Ts...> > (gmx::test::detail)   OptionTemplate (gmx)   StdioTestHelper (gmx::test)   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   Range::iterator (gmx)   OptionValueConverterSimple (gmx)   StepWorkload (gmx)   
AnalysisDataStorage (gmx)   ExclusionBlock (gmx)   ITextBlockMatcher (gmx::test)   OutputAdapterContainer (gmx)   StopConditionSignal (gmx)   
AnalysisDataStorageFrame (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   ITextBlockMatcherSettings (gmx::test)   OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StopConditionTime (gmx)   
AnalysisDataTestFixture (gmx::test)   ExponentialMovingAverage (gmx)   ITopologyProvider (gmx)   OutputRequirements (gmx)   StopHandler (gmx)   
AnalysisDataTestInput (gmx::test)   ExponentialMovingAverageState (gmx)   
  J  
OutputSelector (gmx)   StopHandlerBuilder (gmx)   
AnalysisDataTestInputFrame (gmx::test)   extents (gmx)   OutputSelectorDeathTest (gmx::test)   StringCompare (gmx)   
AnalysisDataTestInputPointSet (gmx::test)   extents_analyse< 0 > (gmx::detail)   JClusterList (gmx)   
  P  
StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataValue (gmx)   extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...> (gmx::detail)   t_nblist::JEntry   StringInputStream (gmx)   
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> (gmx::detail)   
  K  
HardwareTopology::Package (gmx)   StringOption (gmx)   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   
  F  
PackedJClusterList (gmx)   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisHistogramSettings (gmx)   KeyValueTreeBuilder (gmx)   PaddedVector (gmx)   StringOutputStream (gmx)   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   FEPStateValue   KeyValueTreeObjectArrayBuilder (gmx)   PageAlignedAllocationPolicy (gmx)   StringTable   
AnalysisNeighborhood (gmx)   FileIOError (gmx)   KeyValueTreeObjectBuilder (gmx)   PairlistSets (gmx)   StringTableBuilder   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   FileNameOption (gmx)   KeyValueTreePath (gmx)   PairSearch (gmx)   StringTableEntry   
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   FileNameOptionInfo (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder (gmx)   PairsearchWork (gmx)   StringTestBase (gmx::test)   
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   FileNameOptionManager (gmx)   KeyValueTreeTransformRulesScoped (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   StringToEnumValueConverter (gmx)   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   FilteringExactTextMatch (gmx::test)   KeyValueTreeUniformArrayBuilder (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   SystemMomenta   
AnalyticalSplineTableInput (gmx)   FixedCapacityVector (gmx)   KeyValueTreeValueBuilder (gmx)   UniformIntDistribution::param_type (gmx)   SystemMomentum   
Any (gmx)   FlagsTemplate (gmx)   
  L  
TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   
  T  
AnyOutputSupportedFiles (gmx::test)   FlagTest (gmx::test)   NormalDistribution::param_type (gmx)   
APIError (gmx)   FloatingPointDifference (gmx::test)   layout_right (gmx)   GammaDistribution::param_type (gmx)   t_filenm   
ArrayRef (gmx)   FloatingPointTolerance (gmx::test)   LegacyEnumOption (gmx)   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   t_idef   
ArrayRefWithPadding (gmx)   FloatOption (gmx)   LegacyInput (gmx)   ParamsToFormatterVariants (gmx::test::detail)   t_ilist   
AtomIterator   FloatOptionInfo (gmx)   LegacyMdrunOptions (gmx)   ParamsToFormatterVariants< std::tuple< Ts...> > (gmx::test::detail)   t_interaction_function   
AtomPair (gmx)   ForceBuffers (gmx)   LennardJonesCalculator (gmx)   PartialDeserializedTprFile   t_iparams   
AtomProperties   ForceBuffersView (gmx)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch > (gmx)   PbcAiuc   t_mapping   
AtomProxy   ForceHelperBuffers   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch > (gmx)   PdbAtomEntry   t_matrix   
AtomRange   ForceOutputs (gmx)   LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   PhysicalNodeCommunicator (gmx)   t_mdatoms   
AtomsAdjacencyListElement   ForceProviderInput (gmx)   LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   PlanSetupData (gmx)   t_nblist   
Awh (gmx)   ForceProviderOutput (gmx)   ListedForces   PlumedInputFilename (gmx)   t_oriresdata   
  B  
ForceProviders (gmx)   ListOfLists (gmx)   PmeForceSenderGpu (gmx)   t_pargs   
ForceWithShiftForces (gmx)   LocalAtomSet (gmx)   PmeGpuProgram   t_pbc   
BalanceRegion   ForceWithVirial (gmx)   LocalAtomSetManager (gmx)   PmePpCommGpu (gmx)   t_state   
basic_mdspan (gmx)   ForeignLambdaTerms   LocalSettleData   PmeSolve   t_symbuf   
BasicVector (gmx)   FormatterVariant (gmx::test::detail)   LocalTopologyChecker (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude (gmx)   t_xpmelmt   
BenchmarkSystem (gmx)   FormatterVariant< Enum, typename std::enable_if_t< std::is_enum_v< Enum > > > (gmx::test::detail)   LogEntryWriter (gmx)   PotentialPointData (gmx)   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
BinaryInformationSettings (gmx)   
  G  
LoggerBuilder (gmx)   PpRanks   TestException (gmx::test)   
BondedInteraction   LoggerOwner (gmx)   PrefixFormatter (gmx::test)   TestFileInputRedirector (gmx::test)   
BondedInteractionList   GammaDistribution (gmx)   LoggerTestHelper (gmx::test)   PreprocessingAtomTypes   TestFileManager (gmx::test)   
BooleanOption (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters (gmx)   HardwareTopology::LogicalProcessor (gmx)   PreprocessingBondAtomType   TestFileOutputRedirector (gmx::test)   
BooleanOptionInfo (gmx)   GaussTransform3D (gmx)   CpuInfo::LogicalProcessor (gmx)   PreprocessResidue   TestOptionsProvider (gmx::test)   
BoolType (gmx)   GlobalCommandLineHelpContext (gmx)   LogLevelHelper (gmx)   ProcessFrameConversion (gmx)   TestReferenceChecker (gmx::test)   
BoxDeformationHandle (gmx)   gmx_ana_index_t   
  M  
HardwareTopology::ProcessingUnit (gmx)   TestReferenceData (gmx::test)   
BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter...> (gmx)   gmx_ana_indexmap_t   Profiling (gmx)   TestSystem (gmx::test)   
  C  
gmx_ana_pos_t   HardwareTopology::Machine (gmx)   PullCoordExpressionParser (gmx)   TextFileMatch (gmx::test)   
gmx_cache_protect_t (gmx)   MappedUnionFinder (gmx)   
  Q  
TextInputFile (gmx)   
HardwareTopology::Cache (gmx)   gmx_cmap_t   layout_right::mapping (gmx)   TextInputStream (gmx)   
CheckpointData (gmx)   gmx_cmapdata_t   MDAtoms (gmx)   QMInputFileName (gmx)   TextLineWrapper (gmx)   
CheckpointError (gmx)   gmx_domdec_constraints_t   MDLogger (gmx)   QuadraticSplineTable (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
CheckpointHandler (gmx)   gmx_enerdata_t   MDModules (gmx)   
  R  
TextOutputFile (gmx)   
CheckpointHeaderContents   gmx_ffparams_t   MDModulesAtomsRedistributedSignal (gmx)   TextOutputStream (gmx)   
ClfftInitializer (gmx)   gmx_ga2la_t   MDModulesCheckpointReadingBroadcast (gmx)   Range (gmx)   TextReader (gmx)   
ClHandle (gmx)   gmx_localtop_t   MDModulesCheckpointReadingDataOnMain (gmx)   RangeError (gmx)   TextTableFormatter (gmx)   
DomainCommBackward::ColumnInfo (gmx)   gmx_molblock_t   MDModulesEnergyOutputToDensityFittingRequestChecker (gmx)   RangePartitioning (gmx)   TextWriter (gmx)   
CommandLine (gmx::test)   gmx_moltype_t   MDModulesEnergyOutputToNNPotRequestChecker (gmx)   ReadCheckpointDataHolder (gmx)   ThreeFry2x64 (gmx)   
CommandLineHelpContext (gmx)   gmx_multisim_t   MDModulesEnergyOutputToQMMMRequestChecker (gmx)   RefDataFilenameMaker (gmx::test)   ThreeFry2x64Fast (gmx)   
CommandLineHelpWriter (gmx)   gmx_nodecomm_t   MDModulesNotifier (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
CommandLineModuleGroup (gmx)   gmx_sparsematrix   MDModulesNotifiers (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   TimeUnitBehavior (gmx)   
CommandLineModuleManager (gmx)   GpuHaloExchange (gmx)   MDModulesWriteCheckpointData (gmx)   ReplicaExchangeParameters   TimeUnitManager (gmx)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   GpuRegionTimerImpl   MdRunInputFilename (gmx)   ResetHandler (gmx)   ToleranceError (gmx)   
CommandLineParser (gmx)   GpuRegionTimerWrapper   Mdrunner (gmx)   RestraintManager (gmx)   KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToObject (gmx)   
CommandLineProgramContext (gmx)   GpuTaskAssignments (gmx)   MdrunnerBuilder (gmx)   RestraintMDModule (gmx)   TopologyData (gmx)   
CommandLineTestBase (gmx::test)   GpuTaskAssignmentsBuilder (gmx)   MembedHolder (gmx)   RocfftInitializer (gmx)   TopologyInformation (gmx)   
CommandLineTestHelper (gmx::test)   GpuTaskMapping (gmx)   MessageStringCollector (gmx)   RocfftPlan (gmx)   TorchModel (gmx)   
CompileTimeStringJoin (gmx)   GridDimensions (gmx)   MessageStringContext (gmx)   
  S  
KeyValueTreeTransformRuleBuilder::ToValue (gmx)   
CompositeHelpTopic (gmx)   GromacsException (gmx)   MissingElementConnectionError (gmx)   TprAndFileManager (gmx::test)   
ConfMatch (gmx::test)   GromppMtsOpts (gmx)   ModularSimulator (gmx)   Selection (gmx)   TpxFileHeader   
Constraints (gmx)   
  H  
ModularSimulatorError (gmx)   SelectionCollection (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
ConstraintsParam (gmx)   ModuleSelection (gmx::test)   SelectionFileOption (gmx)   TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
ConvertTprInfo (gmx)   H5md (gmx)   ModuleTest (gmx::test)   SelectionFileOptionInfo (gmx)   TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
CoordinatesAndBoxPreprocessed (gmx)   HaloExchange (gmx)   MoleculeBlockIndices   SelectionOption (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
HardwareTopology::Core (gmx)   HaloMpiRequests (gmx)   MoleculeInformation   SelectionOptionBehavior (gmx)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
CoulombCalculator (gmx)   HardwareTopology (gmx)   MoleculePatch   SelectionOptionInfo (gmx)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical > (gmx)   HashedMap (gmx)   MoleculePatchDatabase   SelectionOptionManager (gmx)   TranslateAndScale (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated > (gmx)   HelpLinks (gmx)   MrcDataStatistics (gmx)   SelectionPosition (gmx)   
  U  
CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF > (gmx)   HelpManager (gmx)   MrcDensityMapHeader (gmx)   SelectionTopologyProperties (gmx)   
CpuInfo (gmx)   HelpWriterContext (gmx)   MrcDensityMapOfFloatFromFileReader (gmx)   SeparatePmeRanksPermitted (gmx)   UniformIntDistribution (gmx)   
CrystallographicLabels (gmx)   history_t   MrcDensityMapOfFloatReader (gmx)   SetAtoms (gmx)   UniformRealDistribution (gmx)   
CubicSplineTable (gmx)   HostAllocationPolicy (gmx)   MrcDensityMapOfFloatWriter (gmx)   SetAtomsSupportedFiles (gmx::test)   UnionFinder (gmx)   
  D  
  I  
MrcDensitySkewData (gmx)   SetAtomsUnSupportedFiles (gmx::test)   Update (gmx)   
MtsLevel (gmx)   SetBox (gmx)   UpdateGroups (gmx)   
DataFileFinder (gmx)   IAnalysisDataModule (gmx)   MultiDimArray (gmx)   SetForces (gmx)   UpdateGroupsCog (gmx)   
DataFileInfo (gmx)   NbnxmPairlistCpuWork::IClusterData (gmx)   
  N  
SetForceSupportedFiles (gmx::test)   UserInputError (gmx)   
DataFileOptions (gmx)   ICommandLineModule (gmx)   SetForceUnSupportedFiles (gmx::test)   
  V  
DDBalanceRegionHandler   ICommandLineOptionsModule (gmx)   NameOfTestFromTuple (gmx::test)   SetPrecision (gmx)   
DefaultInitializationAllocator (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   NbnxmKernel (gmx)   SetPrecisionSupportedFiles (gmx::test)   VirtualSitesHandler (gmx)   
DensityFittingForce (gmx)   IdentityFormatter (gmx)   NbnxmPairlistCpuWork (gmx)   SetPrecisionUnSupportedFiles (gmx::test)   
  W  
DensityFittingModuleInfo (gmx)   IEnergyAnalysis (gmx)   nbnxn_cj_packed_t (gmx)   SetStartTime (gmx)   
DensitySimilarityMeasure (gmx)   t_nblist::IEntry   nbnxn_cj_t (gmx)   SetTimeStep (gmx)   wallcc_t   
DevelopmentFeatureFlags (gmx)   IExecutableEnvironment (gmx)   nbnxn_cycle_t (gmx)   SettleData (gmx)   WarningHandler   
HardwareTopology::Device (gmx)   IFileInputRedirector (gmx)   nbnxn_excl_t (gmx)   SettleWaterTopology   WaterMolecule   
DeviceInformation   IFileMatcher (gmx::test)   nbnxn_im_ei_t (gmx)   SetVelocities (gmx)   WholeMoleculeTransform (gmx)   
DeviceStream   IFileMatcherSettings (gmx::test)   nbnxn_sci_t (gmx)   SetVelocitySupportedFiles (gmx::test)   WriteCheckpointDataHolder (gmx)   
DeviceStreamManager (gmx)   IFileOutputRedirector (gmx)   NbnxnPairlistCpu (gmx)   SetVelocityUnSupportedFiles (gmx::test)   
  X  
df_history_t   IForceProvider (gmx)   NNPotTopologyPreprocessor (gmx)   shakedata (gmx)   
DiagonalMasker (gmx)   IFrameConverter (gmx)   no_delete (gmx)   GaussianSpreadKernelParameters::Shape (gmx)   XvgMatch (gmx::test)   
DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize > (gmx)   IHelpTopic (gmx)   NoContentsMatch (gmx::test)   Simd4DBool (gmx)   
DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize > (gmx)   IKeyValueTreeTransformRules (gmx)   nonbonded_verlet_t (gmx)   Simd4Double (gmx)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X