Gromacs  2024.2
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  A  
CommandLineParser (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork::IClusterData   NbnxnPairlistCpu   SetVelocities (gmx)   
ConstraintsParam (gmx)   ICommandLineModule (gmx)   NbnxnPairlistCpuWork   SimulationAlgorithmSetupError (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   ConvertTprInfo (gmx)   ICommandLineOptionsModule (gmx)   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   SimulationGroups   
AbstractAnalysisData (gmx)   CoulombCalculator (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   NormalDistribution (gmx)   SimulationInputHandle   
AbstractAverageHistogram (gmx)   CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical > (gmx)   IdentityFormatter (gmx)   NotImplementedError (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
AbstractOption (gmx)   CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated > (gmx)   IFrameConverter (gmx)   
  O  
SimulationParticle   
AbstractOptionSection (gmx)   CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF > (gmx)   IListIterator   SimulationSignal (gmx)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   
  D  
IListProxy   OptionInfo (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   IListRange   Options (gmx)   SimulatorConfig (gmx)   
AmdPackedFloat3   DataFileFinder (gmx)   InconsistentInputError (gmx)   OptionSection (gmx)   SimulatorEnv (gmx)   
AnalysisArrayData (gmx)   DataFileInfo (gmx)   IndexGroup   OptionSectionHandle (gmx)   SimulatorStateData (gmx)   
AnalysisData (gmx)   DataFileOptions (gmx)   InstallationPrefixInfo (gmx)   OptionTemplate (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   df_history_t   Int64Option (gmx)   OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   DiagonalMasker (gmx)   Int64OptionInfo (gmx)   OutputRequirements (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize > (gmx)   IntegerOption (gmx)   OutputSelector (gmx)   StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize > (gmx)   IntegerOptionInfo (gmx)   
  P  
StringOption (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize > (gmx)   InteractionListHandle   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   Grid::Dimensions (Nbnxm)   InteractiveMD (gmx)   PackedJClusterList   StringTable   
AnalysisDataHandle (gmx)   DoubleOption (gmx)   InternalError (gmx)   PaddedVector (gmx)   StringTableEntry   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   InvalidInputError (gmx)   PaddingTraits (gmx::detail)   StringToEnumValueConverter (gmx)   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   
  E  
IonSwapping (gmx)   PairlistSets   SystemMomenta   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   IOptionManager (gmx)   PairSearch   SystemMomentum   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   ElementNotFoundError (gmx)   IOptionsBehavior (gmx)   PairsearchWork   
  T  
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   EnergyFunctionProperties (Nbnxm)   IOptionsContainer (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   EnumOption (gmx)   IOptionsContainerWithSections (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   t_filenm   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   IOutputAdapter (gmx)   UniformIntDistribution::param_type (gmx)   t_mapping   
AnalysisDataValue (gmx)   EqualCaseInsensitive (gmx)   IProgramContext (gmx)   TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   t_matrix   
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   IRestraintPotential (gmx)   NormalDistribution::param_type (gmx)   t_mdatoms   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   IsSerializableEnum (gmx)   GammaDistribution::param_type (gmx)   t_oriresdata   
AnalysisHistogramSettings (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   Range::iterator (gmx)   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   t_pargs   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   
  F  
ITopologyProvider (gmx)   PartialDeserializedTprFile   t_pbc   
AnalysisNeighborhood (gmx)   
  J  
PbcAiuc   t_state   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   FEPStateValue   PdbAtomEntry   t_xpmelmt   
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   FileIOError (gmx)   JClusterList   PotentialPointData (gmx)   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   FileNameOption (gmx)   
  L  
ProcessFrameConversion (gmx)   TextLineWrapper (gmx)   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   FileNameOptionInfo (gmx)   Profiling (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
APIError (gmx)   FileNameOptionManager (gmx)   LegacyEnumOption (gmx)   PullCoordExpressionParser (gmx)   ThreeFry2x64 (gmx)   
ArrayRef (gmx)   FixedCapacityVector (gmx)   LegacyInput (gmx)   
  R  
ThreeFry2x64Fast (gmx)   
ArrayRefWithPadding (gmx)   FlagsTemplate (gmx)   LennardJonesCalculator (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
AtomIterator   FloatOption (gmx)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch > (gmx)   Range (gmx)   TimeUnitBehavior (gmx)   
AtomPair (gmx)   FloatOptionInfo (gmx)   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch > (gmx)   RangeError (gmx)   TimeUnitManager (gmx)   
AtomProperties   ForceHelperBuffers   LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   RangePartitioning (gmx)   ToleranceError (gmx)   
AtomProxy   ForeignLambdaTerms   LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   TopologyData (gmx)   
AtomRange   
  G  
ListOfLists (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
AtomsAdjacencyListElement   LocalSettleData   
  S  
TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
  B  
GammaDistribution (gmx)   
  M  
TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
gmx_ana_index_t   Selection (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
BalanceRegion   gmx_ana_indexmap_t   MembedHolder (gmx)   SelectionCollection (gmx)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
BasicVector (gmx)   gmx_ana_pos_t   MissingElementConnectionError (gmx)   SelectionOption (gmx)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
BenchmarkSystem (gmx)   gmx_cache_protect_t   ModularSimulatorError (gmx)   SelectionOptionBehavior (gmx)   
  U  
BooleanOption (gmx)   gmx_domdec_constraints_t   MoleculeBlockIndices   SelectionOptionInfo (gmx)   
BooleanOptionInfo (gmx)   gmx_enerdata_t   MtsLevel (gmx)   SelectionOptionManager (gmx)   UniformIntDistribution (gmx)   
BoolType (gmx)   gmx_ffparams_t   
  N  
SelectionPosition (gmx)   UniformRealDistribution (gmx)   
BoxDeformationHandle (gmx)   gmx_localtop_t   SelectionTopologyProperties (gmx)   UserInputError (gmx)   
  C  
gmx_molblock_t   NbnxmKernel   SetAtoms (gmx)   
  W  
gmx_moltype_t   nbnxn_cj_packed_t   SetBox (gmx)   
CheckpointData (gmx)   gmx_nodecomm_t   nbnxn_cj_t   SetForces (gmx)   wallcc_t   
CheckpointError (gmx)   gmx_sparsematrix   nbnxn_cycle_t   SetPrecision (gmx)   WarningHandler   
CheckpointHeaderContents   GromacsException (gmx)   nbnxn_excl_t   SetStartTime (gmx)   WaterMolecule   
CommandLineHelpWriter (gmx)   GromppMtsOpts (gmx)   nbnxn_im_ei_t   SetTimeStep (gmx)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   
  I  
nbnxn_sci   SettleWaterTopology   
IAnalysisDataModule (gmx)   
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