Gromacs  2025.2
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  A  
CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF > (gmx)   HaloExchange (gmx)   nbnxn_cycle_t (gmx)   SetVelocities (gmx)   
  D  
HaloMpiRequests (gmx)   nbnxn_excl_t (gmx)   SimulationAlgorithmSetupError (gmx)   
AbstractAnalysisArrayData (gmx)   
  I  
nbnxn_im_ei_t (gmx)   SimulationGroups   
AbstractAnalysisData (gmx)   DataFileFinder (gmx)   nbnxn_sci_t (gmx)   SimulationInputHandle   
AbstractAverageHistogram (gmx)   DataFileInfo (gmx)   IAnalysisDataModule (gmx)   NbnxnPairlistCpu (gmx)   SimulationInstabilityError (gmx)   
AbstractOption (gmx)   DataFileOptions (gmx)   NbnxmPairlistCpuWork::IClusterData (gmx)   NNPotTopologyPreprocessor (gmx)   SimulationParticle   
AbstractOptionSection (gmx)   df_history_t   ICommandLineModule (gmx)   NonbondedBenchmarkInfo (gmx)   SimulationSignal (gmx)   
AbstractOptionSectionHandle (gmx)   DiagonalMasker (gmx)   ICommandLineOptionsModule (gmx)   NormalDistribution (gmx)   SimulationSignaller (gmx)   
AbstractPlotModule (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize > (gmx)   ICommandLineOptionsModuleSettings (gmx)   NotImplementedError (gmx)   SimulatorConfig (gmx)   
AnalysisArrayData (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize > (gmx)   IdentityFormatter (gmx)   
  O  
SimulatorEnv (gmx)   
AnalysisData (gmx)   DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsHalfISize > (gmx)   t_nblist::IEntry   SimulatorStateData (gmx)   
AnalysisDataAverageModule (gmx)   DomainCommBackward (gmx)   IFrameConverter (gmx)   OptionInfo (gmx)   StaticLog2 (gmx)   
AnalysisDataBinAverageModule (gmx)   DomainCommForward (gmx)   IListIterator   Options (gmx)   StaticLog2< 0 > (gmx)   
AnalysisDataDisplacementModule (gmx)   DomainPairComm (gmx)   IListProxy   OptionSection (gmx)   StaticLog2< 1 > (gmx)   
AnalysisDataFrameAverageModule (gmx)   DoubleOption (gmx)   IListRange   OptionSectionHandle (gmx)   StringFormatter (gmx)   
AnalysisDataFrameHeader (gmx)   DoubleOptionInfo (gmx)   InconsistentInputError (gmx)   OptionTemplate (gmx)   StringOption (gmx)   
AnalysisDataFrameRef (gmx)   
  E  
IndexGroup   OutputRequirementOptionDirector (gmx)   StringOptionInfo (gmx)   
AnalysisDataHandle (gmx)   INNPotModel (gmx)   OutputRequirements (gmx)   StringTable   
AnalysisDataLifetimeModule (gmx)   ElementNotFoundError (gmx)   InstallationPrefixInfo (gmx)   OutputSelector (gmx)   StringTableEntry   
AnalysisDataModuleParallel (gmx)   EnergyAccumulator (gmx)   Int64Option (gmx)   
  P  
StringToEnumValueConverter (gmx)   
AnalysisDataModuleSerial (gmx)   EnergyAccumulator< false, true > (gmx)   Int64OptionInfo (gmx)   SystemMomenta   
AnalysisDataPlotModule (gmx)   EnergyAccumulator< true, true > (gmx)   IntegerOption (gmx)   PackedJClusterList (gmx)   SystemMomentum   
AnalysisDataPlotSettings (gmx)   EnergyAccumulator< useEnergyGroups, false > (gmx)   IntegerOptionInfo (gmx)   PaddedVector (gmx)   
  T  
AnalysisDataPointSetRef (gmx)   EnergyFunctionProperties (gmx)   InteractionDefinitions   PairlistSets (gmx)   
AnalysisDataSimpleHistogramModule (gmx)   EnergyGroupsPerCluster (gmx)   InteractionList   PairSearch (gmx)   t_filenm   
AnalysisDataValue (gmx)   EnumClassSuitsEnumerationArray (gmx)   InteractionListHandle   PairsearchWork (gmx)   t_idef   
AnalysisDataVectorPlotModule (gmx)   EnumOption (gmx)   InteractiveMD (gmx)   ParallelConsistencyError (gmx)   t_ilist   
AnalysisDataWeightedHistogramModule (gmx)   EnumOptionInfo (gmx)   InternalError (gmx)   UniformRealDistribution::param_type (gmx)   t_interaction_function   
AnalysisHistogramSettings (gmx)   EqualCaseInsensitive (gmx)   InvalidInputError (gmx)   UniformIntDistribution::param_type (gmx)   t_iparams   
AnalysisHistogramSettingsInitializer (gmx)   ExceptionInfo (gmx)   IonSwapping (gmx)   TabulatedNormalDistribution::param_type (gmx)   t_mapping   
AnalysisNeighborhood (gmx)   ExceptionInitializer (gmx)   IOptionManager (gmx)   NormalDistribution::param_type (gmx)   t_matrix   
AnalysisNeighborhoodPair (gmx)   ExponentialDistribution (gmx)   IOptionsBehavior (gmx)   GammaDistribution::param_type (gmx)   t_mdatoms   
AnalysisNeighborhoodPairSearch (gmx)   
  F  
IOptionsContainer (gmx)   ExponentialDistribution::param_type (gmx)   t_nblist   
AnalysisNeighborhoodPositions (gmx)   IOptionsContainerWithSections (gmx)   PartialDeserializedTprFile   t_oriresdata   
AnalysisNeighborhoodSearch (gmx)   FEPStateValue   IOutputAdapter (gmx)   PbcAiuc   t_pargs   
APIError (gmx)   FileIOError (gmx)   IProgramContext (gmx)   PdbAtomEntry   t_pbc   
ArrayRef (gmx)   FileNameOption (gmx)   IRestraintPotential (gmx)   PlanSetupData (gmx)   t_state   
ArrayRefWithPadding (gmx)   FileNameOptionInfo (gmx)   IsSerializableEnum (gmx)   PmeSolve   t_xpmelmt   
AtomIterator   FileNameOptionManager (gmx)   Range::iterator (gmx)   PotentialPointData (gmx)   TabulatedNormalDistribution (gmx)   
AtomPair (gmx)   FixedCapacityVector (gmx)   ITopologyProvider (gmx)   ProcessFrameConversion (gmx)   TestSystem (gmx::test)   
AtomProperties   FlagsTemplate (gmx)   
  J  
Profiling (gmx)   TextLineWrapper (gmx)   
AtomProxy   FloatOption (gmx)   PullCoordExpressionParser (gmx)   TextLineWrapperSettings (gmx)   
AtomRange   FloatOptionInfo (gmx)   JClusterList (gmx)   
  R  
ThreeFry2x64 (gmx)   
AtomsAdjacencyListElement   ForceHelperBuffers   t_nblist::JEntry   ThreeFry2x64Fast (gmx)   
  B  
ForeignLambdaTerms   
  L  
Range (gmx)   ThreeFry2x64General (gmx)   
  G  
RangeError (gmx)   TimeUnitBehavior (gmx)   
BalanceRegion   LegacyEnumOption (gmx)   RangePartitioning (gmx)   TimeUnitManager (gmx)   
BasicVector (gmx)   GammaDistribution (gmx)   LegacyInput (gmx)   RepeatingOptionSection (gmx)   ToleranceError (gmx)   
BenchmarkSystem (gmx)   gmx_ana_index_t   LennardJonesCalculator (gmx)   RepeatingOptionSectionHandle (gmx)   TopologyData (gmx)   
BooleanOption (gmx)   gmx_ana_indexmap_t   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch > (gmx)   RocfftInitializer (gmx)   TorchModel (gmx)   
BooleanOptionInfo (gmx)   gmx_ana_pos_t   LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch > (gmx)   RocfftPlan (gmx)   TrajectoryAnalysisCommandLineRunner (gmx)   
BoolType (gmx)   gmx_cache_protect_t (gmx)   LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   
  S  
TrajectoryAnalysisModule (gmx)   
BoxDeformationHandle (gmx)   gmx_cmap_t   LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift > (gmx)   TrajectoryAnalysisModuleData (gmx)   
  C  
gmx_cmapdata_t   ListOfLists (gmx)   Selection (gmx)   TrajectoryAnalysisSettings (gmx)   
gmx_domdec_constraints_t   LocalSettleData   SelectionCollection (gmx)   TrajectoryFileOpener (gmx)   
CheckpointData (gmx)   gmx_enerdata_t   
  M  
SelectionOption (gmx)   TrajectoryFrameWriter (gmx)   
CheckpointError (gmx)   gmx_ffparams_t   SelectionOptionBehavior (gmx)   
  U  
CheckpointHeaderContents   gmx_localtop_t   MembedHolder (gmx)   SelectionOptionInfo (gmx)   
DomainCommBackward::ColumnInfo (gmx)   gmx_molblock_t   MissingElementConnectionError (gmx)   SelectionOptionManager (gmx)   UniformIntDistribution (gmx)   
CommandLineHelpWriter (gmx)   gmx_moltype_t   ModularSimulatorError (gmx)   SelectionPosition (gmx)   UniformRealDistribution (gmx)   
CommandLineModuleSettings (gmx)   gmx_nodecomm_t   MoleculeBlockIndices   SelectionTopologyProperties (gmx)   UserInputError (gmx)   
CommandLineParser (gmx)   gmx_sparsematrix   MtsLevel (gmx)   SetAtoms (gmx)   
  W  
CompileTimeStringJoin (gmx)   GridDimensions (gmx)   
  N  
SetBox (gmx)   
ConstraintsParam (gmx)   GromacsException (gmx)   SetForces (gmx)   wallcc_t   
ConvertTprInfo (gmx)   GromppMtsOpts (gmx)   NbnxmKernel (gmx)   SetPrecision (gmx)   WarningHandler   
CoulombCalculator (gmx)   
  H  
NbnxmPairlistCpuWork (gmx)   SetStartTime (gmx)   WaterMolecule   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical > (gmx)   nbnxn_cj_packed_t (gmx)   SetTimeStep (gmx)   
CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated > (gmx)   H5md (gmx)   nbnxn_cj_t (gmx)   SettleWaterTopology   
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