Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- n -

• N : t_UmbrellaWindow , t_bb
• n : t_coordselection , t_methoddata_kwreal , methoddata_permute , partition , wallcc_t , gmx_fft_fftpack , spheresurfacebin , t_methoddata_kwint
• n_alloc : spheresurfacebin
• na_ci : gmx::NbnxnPairlistCpu
• na_cj : gmx::NbnxnPairlistCpu
• nalloc : swap_compartment , gmx_sparsematrix , gmx_ana_selvalue_t
• nalloc_index : gmx_ana_index_t
• nalloc_loc : gmx::ImdSession::Impl
• nalloc_x : gmx_ana_pos_t
• name : gmx_moltype_t , gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::RootHelpTopic , gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::CommandsHelpTopic , gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}::ModuleHelpTopic , gmx::CommandLineHelpModule , gmx::ICommandLineModule , gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule , gmx::test::MockModule
• Name : gmx::CpuInfo
• name() : gmx::EnergyTerm , gmx::AbstractSimpleHelpTopic , MoleculeInformation , gmx::AbstractCompositeHelpTopic , gmx::SimpleHelpTopic< HelpText > , MoleculePatchDatabase , gmx::CompositeHelpTopic< HelpText > , gmx::IHelpTopic , MoleculeType , gmx::AbstractOptionStorage , gmx::SelectionParserParameter , gmx::SelectionTreeElement , gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest , gmx::SelectionTreeElement , t_register_method , gmx::anonymous_namespace{selhelp.cpp}::KeywordDetailsHelpTopic , gmx::SelectionParserSymbol , gmx_ana_selmethod_t , anonymous_namespace{legacymodules.cpp}::ObsoleteToolModule , gmx::OptionInfo , gmx_ana_selparam_t , gmx::internal::SelectionData , gmx::Selection , gmx::ConvertTprInfo , gmx::TopologyInformation , gmx::NonbondedBenchmarkInfo , t_interaction_function , IndexGroup
• name_ : gmx::DataFileInfo , gmx::ColvarsModuleInfo , gmx::DensityFittingModuleInfo , gmx::NNPotModuleInfo , gmx::PlumedModuleInfo , gmx::QMMMModuleInfo , gmx::internal::OptionSectionImpl , gmx::SelectionParserSymbol::Impl
• NameOfTestFromTuple() : gmx::test::NameOfTestFromTuple< ParametersTuple >
• names : gmx_ana_indexgrps_t
• namesOfEnergiesToMatch_ : gmx::test::PeriodicActionsTest
• nas : t_methoddata_same
• nat : gmx::ImdSession::Impl , ilist_data_t , gmx_slabdata
• nat_loc : gmx::ImdSession::Impl
• natom() : PreprocessResidue
• nAtoms : PmeGpuAtomParams
• natoms : gmx_pme_comm_n_box_t , CheckpointHeaderContents , TpxFileHeader
• nAtomsAlloc : PmeGpu
• natpair_lj_ : gmx::PairlistSet
• natpair_ljq_ : gmx::PairlistSet
• natpair_q_ : gmx::PairlistSet
• nattempt : gmx_repl_ex
• nb : t_methoddata_distance
• nb_c : gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t
• nb_d2h : gmx::GpuTimers::XFTransfers
• nb_d2h_t : gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t
• nb_h2d : gmx::GpuTimers::XFTransfers
• nb_h2d_t : gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t
• nb_k : gmx::GpuTimers::Interaction
• nbat() : gmx::nonbonded_verlet_t
• nbfp : gmx::nbnxn_atomdata_t::Params , gmx::NBParamGpu
• nbfp_aligned : gmx::nbnxn_atomdata_t::Params
• nbfp_comb : gmx::nbnxn_atomdata_t::Params , gmx::NBParamGpu
• nbfp_comb_texobj : gmx::NBParamGpu
• nbfp_texobj : gmx::NBParamGpu
• nBin : t_UmbrellaWindow
• nbins : methoddata_insolidangle
• nbl_fep : gmx::PairsearchWork
• nblocks : gmx_sel_mempool_t
• nbnxmSimd : gmx::NbnxmKernelBenchOptions
• nbnxn_atomdata_output_t() : gmx::nbnxn_atomdata_output_t
• nbnxn_atomdata_t() : gmx::nbnxn_atomdata_t
• nBootStrap : UmbrellaOptions
• nbparam : gmx::NbnxmGpu
• nbsearch : t_methoddata_distance
• nbst : gmx::NbnxmGpu
• nc : gmx::Lincs
• nc_real : gmx::Lincs
• ncc : gmx::Lincs
• ncc_triangle : gmx::Lincs
• ncg : gmx::Lincs
• ncg_flex : gmx::Lincs
• ncg_triangle : gmx::Lincs
• nChargePerturbed : t_mdatoms
• ncj_hlj : gmx::NbnxmPairlistCpuWork
• ncj_noq : gmx::NbnxmPairlistCpuWork
• ncjInUse : gmx::NbnxnPairlistCpu
• ncmap() : InteractionsOfType
• nColvarsAtoms_ : gmx::ColvarsForceProviderState
• nCoordsel : UmbrellaOptions
• nct() : InteractionsOfType
• nctl : MoleculePatch
• ncxy_ind : gmx::NbnxmGpu
• ncxy_ind_alloc : gmx::NbnxmGpu
• ncxy_na : gmx::NbnxmGpu
• ncxy_na_alloc : gmx::NbnxmGpu
• nCyl : swap_group
• nCylBoth : swap_group
• ndata : gmx_sparsematrix
• ndecompdim : PmeShared
• ndim : gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl , gmx_fft_fftw3 , gmx_fft_mkl , t_pullcoord , gmx::Bias
• ndim_ePBC : t_pbc
• ndistc : gmx::PairsearchWork
• nearestIndex() : gmx::GridAxis , gmx::BiasGrid
• nearestPoint() : gmx::AnalysisNeighborhoodSearch
• nED : CheckpointHeaderContents
• needForeignEnergyDifferences() : gmx::Awh
• needsMasses_ : gmx::SelectionTopologyProperties
• needsTopology_ : gmx::SelectionTopologyProperties
• needStorage() : gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl
• needToCalcCom : pull_group_work_t
• needToSumEkinhOld() : gmx::EnergyData
• neig : anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_eigvec
• neighbor : gmx::GridPoint
• NelderMeadSimplex() : gmx::NelderMeadSimplex
• nenergrp : t_mdatoms
• neom : gmx_sel_lexer_t
• neutronIsotropicScatteringLength : gmx::AtomicStructureFactor
• newBox : gmx::OutputRequirements
• newHistogramSize() : gmx::HistogramSize
• newx : MoleculePatch
• nex : gmx_repl_ex
• nexchange : gmx_repl_ex
• nexpsel : gmx_sel_lexer_t
• next : gmx_fft_fftpack , gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> , gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...> , gmx_ana_poscalc_t , gmx::SelectionTreeElement , t_symbuf
• next_extents_analyse : gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents...> , gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents...>
• next_type : gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter...>
• nextFile() : gmx::DirectoryEnumerator
• nextGroup() : gmx::analysismodules::anonymous_namespace{angle.cpp}::AnglePositionIterator
• nextHeavyType : VirtualSiteConfiguration
• nextIndex_ : gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl
• nextLineIndex_ : gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData
• nextLineOffset_ : gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData
• nextMethodSymbol : gmx_sel_lexer_t
• nextParagraph() : gmx::RstParagraphIterator
• nextparam : gmx_sel_lexer_t
• nextResi_ : gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo
• nextValue() : gmx::analysismodules::anonymous_namespace{angle.cpp}::AnglePositionIterator
• nFile_ : gmx::LegacySimulatorData
• nforces : gmx::ImdSession::Impl
• ngrids : PmeShared
• ngroup : t_pullcoord
• ngrp : t_swap
• ngtc : CheckpointHeaderContents , t_state , TpxFileHeader
• nhack() : MoleculePatchDatabase
• nhchainlength : CheckpointHeaderContents , t_state
• nhpres_vxi : gmx::PTCouplingArrays , t_state
• nhpres_xi : gmx::PTCouplingArrays , t_state
• nhx : t_bb
• nHydrogens : VirtualSiteConfiguration
• niceLevel() : gmx::CommandLineCommonOptionsHolder
• nIter : gmx::Lincs
• nk : PmeShared
• nLambda : gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters
• nlambda : CheckpointHeaderContents , df_history_t
• nlhelp : gmx_ana_selmethod_help_t
• nlocat : gmx::Lincs
• nMassPerturbed : t_mdatoms
• nmax : gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl
• nmol : gmx_molblock_t , IListProxy
• nMol : swap_compartment
• nMolAv : swap_compartment
• nMolBefore : swap_compartment
• nMolPast : swap_compartment
• nMolReq : swap_compartment
• nmoves : gmx_repl_ex
• nn : PmeShared
• nname : MoleculePatch
• Nnext : t_bb
• nnhpres : CheckpointHeaderContents , t_state
• nnodes : PmeShared , CheckpointHeaderContents
• nnodesX : PmeShared
• nnodesY : PmeShared
• NNPotTopologyPreprocessor() : gmx::NNPotTopologyPreprocessor
• no : gmx::BiasParams
• No : gmx::Bias
• nodeid : PmeShared
• nodeidX : PmeShared
• nodeidY : PmeShared
• nodes : gmx::HardwareTopology::Numa
• nonbonded_verlet_t() : gmx::nonbonded_verlet_t
• nonbondedParameters : gmx::BenchmarkSystem , gmx::test::TestSystem
• None : gmx::CpuInfo , gmx::HardwareTopology , gmx::VirtualSitesHandler , gmx::PositionCalculationCollection , gmx::SelectionCollection::Impl
• NonLinear : gmx::VirtualSitesHandler
• nonlocal_done : gmx::NbnxmGpu
• nOrder : gmx::Lincs
• norm() : gmx::BasicVector< ValueType >
• norm2() : gmx::BasicVector< ValueType >
• normal : gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistanceCalculationInfo
• normalDistribution : UmbrellaOptions
• NormalDistribution() : gmx::NormalDistribution< RealType >
• normalizationType_ : gmx::AwhEnergyBlock
• normalizationValue_ : gmx::AwhEnergyBlock
• normalizeDensities_ : gmx::DensityFittingParameters
• normalizeFreeEnergyAndPmfSum() : gmx::PointState
• normalizeProbability() : gmx::AbstractAverageHistogram
• normalizeReferenceDensity() : gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup
• normalizeValue() : gmx::EnumOptionStorage , gmx::OptionStorageTemplateSimple< T >
• normalizeValues() : gmx::AbstractOptionStorage , gmx::OptionStorageTemplateSimple< T > , gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage , gmx::SelectionOptionStorage , gmx::OptionInfo , gmx::SelectionFileOptionStorage
• nosehoover_vxi : gmx::PTCouplingArrays , t_state
• nosehoover_xi : gmx::PTCouplingArrays , t_state
• NoseHooverChainsData() : gmx::NoseHooverChainsData
• NoseHooverChainsElement() : gmx::NoseHooverChainsElement
• NoseHooverGroup() : gmx::NoseHooverGroup
• NoseHooverTemperatureCoupling() : gmx::NoseHooverTemperatureCoupling
• not_null() : gmx::compat::not_null< T >
• notifiers() : gmx::MDModules
• notifiers_ : gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl
• notify() : gmx::MDModulesNotifier< CallParameter, MDModulesNotifierBase > , gmx::BuildMDModulesNotifier<>::NoCallParameter
• notifyDataFinish() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyDataStart() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyFrameFinish() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyFrameStart() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyParallelDataStart() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyParallelFrameFinish() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyParallelFrameStart() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyParallelPointsAdd() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• notifyPointsAdd() : gmx::AnalysisDataModuleManager
• NotImplementedError() : gmx::NotImplementedError
• nparams : gmx_ana_selmethod_t
• npbcdim : UnitCellInfo
• nPerturbed : t_mdatoms
• npme : CheckpointHeaderContents
• nPull : t_UmbrellaWindow
• npullcrds : t_UmbrellaHeader
• nr : MoleculePatch , t_mdatoms , gmx_ana_selvalue_t , t_ilist
• nra() : gmx::ExclusionBlock
• nral : LocalSettleData
• nratoms : t_interaction_function
• nrecv : gmx_specatsend_t
• nrepl : gmx_repl_ex
• nreq : gmx_domdec_specat_comm_t
• nrexcl : MoleculeInformation , PreprocessResidue
• nrfpB : t_interaction_function
• nrms : t_bb
• nrnb : anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator
• nrnb_ : gmx::Profiling , gmx::LegacySimulatorData
• nrow : gmx_sparsematrix
• nscanTemporary : gmx::GpuPairlistSorting
• nsciCounted : gmx::GpuPairlistSorting
• nsciHistogram : gmx::GpuPairlistSorting
• nsciOffset : gmx::GpuPairlistSorting
• nsciSorted : gmx::GpuPairlistSorting
• nst : gmx_repl_ex
• nsteps_done : gmx_walltime_accounting
• nsteps_done_at_reset : gmx_walltime_accounting
• nstglobalcomm() : gmx::GlobalCommunicationHelper
• nstimd : gmx::ImdSession::Impl
• nstimd_new : gmx::ImdSession::Impl
• nstlist_cmdline : gmx::LegacyMdrunOptions
• nstlistPrune : gmx::PairlistParams
• nstored : gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl
• nstout() : gmx::AwhParams
• nstpcouple : gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters
• nstrout : gmx_enfrot
• nstSampleCoord() : gmx::AwhParams
• nstsout : gmx_enfrot
• ntask : gmx::Lincs
• ntbins : methoddata_insolidangle
• nth : omp_module_nthreads_t
• nthreads : bonded_threading_t
• nthreads_omp : gmx_hw_opt_t
• nthreads_omp_pme : gmx_hw_opt_t
• nthreads_tmpi : gmx_hw_opt_t
• nthreads_tot : gmx_hw_opt_t
• ntompOptionIsSet : gmx::MdrunOptions
• Ntot : t_UmbrellaWindow
• ntriangle : anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task , gmx::Lincs
• ntric_vec : t_pbc
• nTypePerturbed : t_mdatoms
• ntypes : t_idef
• num_defining_atomnames : gmx_help_make_index_group
• numa : gmx::HardwareTopology::Machine
• numAnglesRemoved : gmx::QMMMTopologyInfo
• numaNodeId : gmx::HardwareTopology::Core , gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor , gmx::HardwareTopology::Device
• numAtoms : gmx::NBAtomDataGpu , ComSumContents , MoleculeType , AtomDistribution::DomainAtomGroups , PpRanksSendFInfo , gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters , t_state , gmx::nbnxn_atomdata_t , PpRanks , gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters , gmx::DomainCommBackward , gmx::DomainCommForward
• numAtomsAlloc : gmx::NBAtomDataGpu
• numAtomsGlobal() : gmx::LocalAtomSet
• numAtomsICluster2Log_ : gmx::Grid::Geometry
• numAtomsICluster_ : gmx::Grid::Geometry
• numAtomsInColumn() : gmx::Grid
• numAtomsJCluster_ : gmx::Grid::Geometry
• numAtomsLocal() : gmx::LocalAtomSet , gmx::NBAtomDataGpu
• numAtomsPerCell() : gmx::DomainCommBackward , gmx::Grid
• numAtomsPerCell_ : gmx::Grid::Geometry
• numAtomsPerCluster : gmx::GpuPairlist
• numAtomsPerColumn : gmx::GridWork
• numAtomsPerMolecule : MoleculeBlockIndices
• numAtomTypes : gmx::BenchmarkSystem , gmx::test::TestSystem
• numberOfGroupNumbers() : SimulationGroups
• numBias() : gmx::AwhParams
• numBlocks() : gmx::RangePartitioning , gmx::BiasWriter
• numBondedInteractions : thread_work_t
• numBondsRemoved : gmx::QMMMTopologyInfo
• numBoundedDimensions : UnitCellInfo
• numCells : gmx::GridDimensions , gmx::Grid , gmx::DomdecOptions
• numCellsColumnMax() : gmx::Grid
• numCellsInColumn() : gmx::Grid
• numClusters() : gmx::Grid
• numClustersPerCell() : gmx::Grid
• numCmaps_ : InteractionsOfType
• numCogs() : gmx::UpdateGroupsCog
• numColumnRowSection_ : gmx::MrcDensityMapHeader
• numColumns() : gmx::Grid
• numColumnsMax() : gmx::GridSet
• numConnBondsAdded : gmx::QMMMTopologyInfo
• numConstrainedBondsInQMSubsystem : gmx::QMMMTopologyInfo
• numConstraints : gmx::LincsDeviations
• numConstraintsTotal() : gmx::Constraints
• numDDDimensions : DDGridSetup
• numDegreesOfFreedom : gmx::TemperatureCouplingData
• numDihedralsRemoved : gmx::QMMMTopologyInfo
• numDim_ : gmx::test::FrictionMetricTest
• numDimensions() : gmx::BiasGrid
• numDimsAndPulses_ : gmx::NvshmemPpCommData
• numDomains : DDGridSetup
• numDoubles() : SystemMomentum
• numElements() : gmx::ListOfLists< typename >
• numEnergyGroups : gmx::nbnxn_atomdata_t::Params
• numEnergySubblocksToWrite() : gmx::Bias
• numExchanges : ReplicaExchangeParameters
• numExcl : gmx::GpuPairlist
• numExclusionsMade : gmx::QMMMTopologyInfo
• numExclusionsWithinRlist() : t_nblist
• numExperiments : t_oriresdata
• numFepLambdaStates : gmx::DimParams::FepDimParams , gmx::BiasGrid
• numFile : gmx::LegacyInput
• numFlexibleConstraints() : gmx::Constraints
• numFrames() : gmx::EnergyTerm , gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTestParameters
• numGridAtomsLocal() : gmx::GridSet
• numGridAtomsTotal() : gmx::GridSet
• numIMask : gmx::GpuPairlist
• numInteractions : t_forcetable
• numInterUpdategroupVirtualSites() : gmx::VirtualSitesHandler::Impl , gmx::VirtualSitesHandler
• numIterations : gmx::NbnxmKernelBenchOptions
• numIZones() : gmx::DomdecZones
• numJClusterGroups() : gmx::nbnxn_sci_t
• numLambdas() : ForeignLambdaTerms
• numLevels : gmx::GromppMtsOpts
• numLinkBonds : gmx::QMMMTopologyInfo
• numLocalAtoms() : gmx::nbnxn_atomdata_t
• numMMAtoms : gmx::QMMMTopologyInfo
• numMolecules : MoleculeType
• numNonperturbedInteractions : InteractionDefinitions
• numOpenMPThreads : gmx_walltime_accounting
• numPackedJClusters : gmx::GpuPairlist
• numPerturbedExclusionsWithinRlist() : gmx::PairlistSet
• numPmeOnlyRanks : DDGridSetup
• numPmeRanks : gmx::DomdecOptions
• numPoints() : gmx::BiasGrid , gmx::GridAxis
• numPoints_ : gmx::test::FrictionMetricTest
• numPointsInPeriod() : gmx::GridAxis
• numPreIterations : gmx::NbnxmKernelBenchOptions
• numQMAtoms : gmx::QMMMTopologyInfo
• numRanks_ : gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::Subscriber
• NumRanksPerSimulation() : gmx::test::NumRanksPerSimulation
• numRanksPerSimulation_ : gmx::test::MultiSimTest
• numRealAtomsLocal() : gmx::GridSet
• numRealAtomsTotal() : gmx::GridSet
• numRestraints : t_oriresdata
• numRollingPruningParts : gmx::PairlistParams
• numSamplesAtLambdaForEquilibration : df_history_t
• numSamplesAtLambdaForStatistics : df_history_t
• numSamplesUpdateFreeEnergy() : gmx::AwhParams
• numSamplesUpdateFreeEnergy_ : gmx::BiasParams
• numSci : gmx::GpuPairlist
• numSettle : LocalSettleData
• numSettleRemoved : gmx::QMMMTopologyInfo
• numSettles : gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTestParameters , gmx::SettleData
• numShakeBlocks() : gmx::shakedata
• numSharedUpdate : gmx::BiasParams
• numSimulations_ : gmx_multisim_t
• numSteps : gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters , gmx::EnergyTerm , gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters , gmx::EnergyAnalysisFrame
• numStepsCommandline : gmx::MdrunOptions
• numStepsWithPairlist() : gmx::PairlistSets
• numSubscribers_ : gmx::test::anonymous_namespace{observablesreducer.cpp}::ObservablesReducerIntegrationTest
• numTablePoints : t_forcetable
• numTCoupleGroups : gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters , gmx::test::anonymous_namespace{leapfrog.cpp}::LeapFrogTestParameters
• numTemperatureGroups() : gmx::NoseHooverChainsData
• numThreadBuffers() : gmx::ThreadedForceBuffer< ForceBufferElementType >
• numThreads() : pull_group_work_t , gmx::NbnxmKernelBenchOptions , gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions , gmx::ThreadingInfo
• numTypes : gmx::NBAtomDataGpu , gmx_ffparams_t , gmx::nbnxn_atomdata_t::Params
• numUpdates() : gmx::HistogramSize
• numUsedLabels_ : gmx::CrystallographicLabels
• numVirtualSitesModified : gmx::QMMMTopologyInfo
• numVisitsIteration() : gmx::PointState
• numVisitsTot() : gmx::PointState
• numWarmupIterations : gmx::NbnxmKernelBenchOptions
• numZones() : gmx::DomdecZones
• nuse : gmx::InterdependentTask
• nUse : t_coordselection
• nvalptr : gmx_ana_selparam_t
• nvars : gmx_ana_selcollection_t
• nx : t_matrix , gmx_fft_mkl
• ny : gmx_fft_mkl , t_matrix